扣除社保后只有1000元的工资，在大多数情况下是不合法的。下面我将从几个方面详细解释这个问题：

1. 最低工资标准：

   • 各国或地区通常都会设定最低工资标准，这是劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。
   • 如果扣除社保后的工资低于当地的最低工资标准，那么这种工资支付是不合法的。

2. 社保缴纳规定：

   • 社保缴纳是用人单位和劳动者的共同义务，用人单位需要按照规定的比例从劳动者的工资中代扣代缴社保费用。
   • 但是，社保缴纳不应该导致劳动者的实际到手工资低于最低工资标准或违反其他劳动法规定。

3. 劳动法规定：

   • 根据劳动法的相关规定，用人单位应当支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
   • 同时，劳动法也规定了加班费的支付标准、工资支付周期等，这些都可能影响到劳动者的实际到手工资。

4. 特殊情况：

   • 当然，也存在一些特殊情况，比如劳动者因个人原因请假、旷工等导致实际工作时间减少，或者用人单位与劳动者有特别的约定（如实习、兼职等），这些情况下扣除社保后的工资可能会较低。
   • 但是，这些特殊情况也需要符合劳动法的相关规定，不能违反法律的强制性规定。

综上所述，扣除社保后只有1000元的工资，在大多数情况下是不合法的。如果你遇到这种情况，建议及时向我咨询或向当地劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。