公司可采取以下措施应对离职员工以社保基数未足额缴纳为由的起诉，具体需结合案件细节分情况处理：

1. 核查社保缴纳基数是否符合法律规定

• 法律依据：根据《社会保险法》及地方社保缴费基数规定，社保缴费基数应为员工上年度月平均工资（含奖金、津贴等），且不得低于当地社平工资的60%、不得高于300%。若公司实际缴纳基数低于员工实际工资水平，则可能构成违法。
• 应对建议：
  • 立即自查员工社保缴费记录，确认是否存在基数不足的情况；
  • 若确实存在未足额缴纳，需评估补缴成本及法律风险（如补缴本金、滞纳金、罚款等）；
  • 若缴费基数符合法律规定（如员工工资低于社平工资60%，按最低基数缴纳合法），则可提供工资发放记录、社保缴费凭证等证据反驳员工主张。

2. 审查员工主张是否超过诉讼时效

• 法律依据：根据《劳动争议调解仲裁法》第27条，劳动争议申请仲裁的时效期间为1年，从当事人知道或应当知道权利被侵害之日起计算。社保缴费争议属于劳动争议范畴，适用该时效规定。
• 应对建议：
  • 若员工离职时间已超过1年，且无时效中断、中止情形（如员工曾向公司主张权利、向社保部门投诉等），可主张诉讼时效已过；
  • 若员工在离职后1年内曾就社保问题提出异议（如书面投诉、协商记录等），则时效可能重新计算，需进一步核实证据。

3. 抗辩员工“自愿放弃社保”或“协商一致”的效力

• 法律依据：根据《社会保险法》第60条，用人单位必须自行申报、按时足额缴纳社保，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。员工“自愿放弃社保”或“与公司协商不缴社保”的约定因违反法律强制性规定而无效。
• 应对建议：
  • 若公司曾与员工签订“放弃社保协议”或类似文件，此类协议无效，公司仍需承担补缴责任；
  • 但可主张员工存在过错（如故意隐瞒工资构成、诱导公司低缴社保等），在责任划分时争取减轻公司责任（如要求员工承担部分滞纳金）。

4. 主张员工已丧失实体权利或已获补偿

• 适用情形：
  • 若员工在离职时已通过协商、仲裁或诉讼获得经济补偿（如离职补偿金中包含社保补偿部分），可主张员工已放弃对社保问题的进一步主张；
  • 若员工在职期间未对社保基数提出异议，离职后突然主张，可质疑其动机并要求提供证据证明公司存在故意隐瞒或欺诈。
• 应对建议：
  • 收集员工离职时的协商记录、补偿协议等证据，证明双方已就社保问题达成一致；
  • 若员工无法证明公司存在主观恶意，可主张其主张缺乏事实依据。

5. 积极应诉，准备证据材料

• 关键证据：
  • 员工工资发放记录（银行流水、工资条等）；
  • 社保缴费凭证（缴费基数、缴费时间等）；
  • 员工入职、离职手续文件（如劳动合同、离职协议等）；
  • 员工主张权利的证据（如投诉记录、协商记录等）。
• 诉讼策略：
  • 若公司确实存在未足额缴纳，可主动与员工协商补缴方案，争取庭外和解；
  • 若员工主张金额过高或缺乏依据，可委托律师出庭应诉，通过法律程序维护公司权益。

总结：公司需根据具体情况选择应对策略，核心是核实社保缴纳是否合法、审查诉讼时效、收集反驳证据，并积极与员工或法院沟通。若需进一步分析案件细节或制定具体方案，可直接向我咨询。