公司重组时克扣员工补偿金是不合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：

1. 公司重组与员工补偿金的关系：

   • 公司重组，包括合并、分立、股权转让等情形，通常不会改变公司与员工之间的劳动关系。在重组过程中，公司应继续履行与员工签订的劳动合同，包括支付约定的工资和福利。
   • 如果重组导致劳动合同的解除或终止，公司应按照相关法律法规的规定，向员工支付相应的经济补偿。

2. 克扣员工补偿金的违法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在解除或终止劳动合同时，应按照劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付经济补偿。如果公司克扣或拒绝支付这部分补偿金，就构成了违法行为。
   • 此外，如果公司重组过程中存在其他违法行为，如未按照劳动合同约定提供劳动保护或劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等，员工也有权要求公司支付相应的经济补偿，并可以依法向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 员工应如何维护自己的权益：

   • 如果员工发现公司重组时克扣了补偿金，首先应与公司进行协商，要求公司按照法律法规的规定支付应得的补偿。
   • 如果协商无果，员工可以向当地的劳动行政部门投诉，请求劳动行政部门介入调查并处理。
   • 同时，员工也可以依法向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据，如劳动合同、工资单、公司重组的相关文件等，以证明自己的主张。

4. 经济补偿的计算方式：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
   • 如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

总结与建议： 公司重组时克扣员工补偿金是违法的，员工应了解自己的权益并积极维护。如果遇到此类问题，建议首先与公司协商解决；协商无果时，可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。同时，员工在申请劳动仲裁或提起诉讼时，应提供充分的证据来支持自己的主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。