针对您提出的“开除员工手脚不干净（这里假设指的是员工有不当行为，如偷窃、长时间擅离岗位等违反公司规定的行为）怎么处理”的问题，这确实是一个涉及劳动法和公司规章制度的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，要明确的是，公司开除员工必须基于合法且合理的理由，并遵循正当的程序。如果员工存在“手脚不干净”的行为，如偷窃公司财物或长时间擅离岗位等，这些行为若严重违反了公司的规章制度或劳动纪律，公司是有权依据相关法律法规和公司制度进行处理的。
一、处理流程
调查取证：
- 公司应首先进行详细的调查，收集相关证据，如监控录像、证人证言、物品丢失报告等，以证明员工确实存在不当行为。
- 调查过程中应确保程序的公正性和合法性，避免侵犯员工的合法权益。
通知员工：
- 在确认员工存在不当行为后，公司应书面通知员工，说明其行为的性质、后果以及公司拟采取的处理措施。
- 通知中应明确告知员工有权进行申诉或解释，并给予其合理的申诉期限。
听取申诉：
- 如果员工提出申诉或解释，公司应认真听取，并对其进行评估。
- 如果员工的申诉或解释合理且有证据支持，公司应重新考虑处理措施。
做出决定：
- 在综合考虑调查结果、员工申诉等因素后，公司应做出最终决定，并书面通知员工。
- 如果决定开除员工，应明确说明开除的理由、依据以及生效日期。
办理离职手续：
- 公司应协助员工办理离职手续，如结算工资、转移社保等。
- 同时，公司应保留好相关证据和文件，以备后续可能出现的法律纠纷。
二、法律依据
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。
- 公司应在规章制度中明确规定哪些行为属于严重违反规章制度，以及相应的处理措施。这些规章制度应经过民主程序制定，并向员工公示或告知。
三、注意事项
确保规章制度合法有效：
- 公司的规章制度必须符合法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。
- 规章制度应经过民主程序制定，并向员工公示或告知，以确保其合法性和有效性。
遵循正当程序：
- 公司在处理员工不当行为时，应遵循正当程序，确保程序的公正性和合法性。
- 避免采取过激或非法的手段，如体罚、侮辱等，以免引发法律纠纷。
考虑员工权益：
- 在处理员工不当行为时，公司应考虑员工的合法权益，如给予其合理的申诉期限、提供必要的协助等。
- 如果员工的行为并非故意或情节轻微，公司可以考虑给予警告、罚款等较轻的处理措施。
四、案例参考
- 如您之前提到的案例中，员工因长时间“带薪如厕”被公司开除，法院最终认定公司系依法解除劳动合同。这是因为员工的行为严重违反了公司的规章制度和劳动纪律，且公司遵循了正当的处理程序。
- 另一个案例中，员工因上班“摸鱼”被公司开除，但法院判决公司支付经济赔偿金。这是因为公司事前对劳动者的轻微违纪行为没有任何提醒，而是直接发出解除劳动合同的通知，违反了公司制定的规章制度的要求。
综上所述，公司在处理员工“手脚不干净”的行为时，应确保规章制度合法有效、遵循正当程序、考虑员工权益，并依据相关法律法规和公司制度做出合理决定。如有需要，建议咨询专业律师或劳动法律顾问以获取更具体的法律建议。