结论：该行为是否合法不能一概而论，需分情况讨论，关键在于是否符合税务、劳动法律规范及公司财务制度要求。以下从不同角度展开分析：

1. 税务合规角度

根据《个人所得税法》及《税收征收管理法》，工资薪金属于个人所得税应税项目，公司作为扣缴义务人需履行代扣代缴义务。若法人（即公司）通过其配偶（非公司员工）的个人账户发放工资，可能涉及以下风险：

• 资金流向与税务申报不一致：若公司财务账簿中未如实记录该笔支出，或未将工资发放信息纳入个税申报系统，可能被税务机关认定为“隐匿收入”或“少报缴费基数”，面临补缴税款、滞纳金及罚款（根据《税收征收管理法》第63条，偷税可处50%至5倍罚款）。
• 公私混同风险：若配偶账户同时用于公司经营收支，可能被认定为“公司财产与个人财产混同”，尤其在一人有限责任公司中，可能突破股东有限责任，导致股东对公司债务承担连带责任（《公司法》第63条）。

建议：若需通过配偶账户发放工资，应确保：

• 配偶与公司签订劳动合同，成为正式员工；
• 公司财务账簿中完整记录工资支出，并依法代扣代缴个税；
• 避免配偶账户与公司经营账户混用，保持资金独立性。

2. 劳动法律角度

根据《劳动合同法》，工资应由用人单位（即公司）直接支付给劳动者。若配偶并非公司员工，却通过其账户代发工资，可能涉及以下问题：

• 劳动关系认定风险：若劳动者主张工资由配偶支付，可能质疑其与公司是否存在真实劳动关系，进而影响工伤认定、经济补偿等权益（《劳动合同法》第7条）。
• 工资支付主体不合规：即使配偶是公司股东或高管，若未通过公司对公账户或授权账户支付工资，可能被认定为未依法支付工资，劳动者有权要求公司补发并主张赔偿（《劳动合同法》第38条、第85条）。

建议：公司应通过以下方式规范工资支付：

• 使用公司对公账户或经备案的授权账户发放工资；
• 在劳动合同中明确工资支付方式及账户信息；
• 保留工资发放记录（如银行流水、签字确认单）作为证据。

3. 公司财务制度角度

根据《企业财务通则》及《会计法》，公司应建立规范的财务制度，确保资金收支透明、可追溯。通过配偶个人账户发放工资可能违反以下规定：

• 账户使用不规范：公司应使用对公账户处理经营收支，个人账户仅限个人使用（《人民币银行结算账户管理办法》第65条）。
• 财务记录不完整：若公司未将工资支出纳入财务账簿，或未保留完整凭证，可能被认定为“账外账”，面临行政处罚（《会计法》第42条）。

建议：公司应：

• 单独设立工资发放专用账户（可通过对公账户或经备案的个人账户）；
• 完善财务审批流程，确保每笔支出有合法凭证及审批记录；
• 定期接受审计，确保财务合规。

总结与行动建议

1. 若配偶是公司员工：需签订劳动合同、通过合规账户发放工资并依法纳税，避免公私混同。
2. 若配偶非公司员工：建议立即停止该行为，改用公司对公账户发放工资，并补缴个税（如有遗漏）。
3. 已发生该行为：尽快整理工资发放记录、劳动合同等证据，咨询专业律师评估风险，必要时向税务机关主动申报补缴。

如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细方案。