结论：在公司组织架构调整、部门合并但岗位还在的情况下，员工离职是否有赔偿，需根据具体情况判断，一般分为员工主动离职和公司违法解除劳动合同两种情况。
一、员工主动离职
无赔偿情况：
- 如果员工因个人原因主动提出离职，且公司不存在《劳动合同法》第三十八条规定的违法行为（如未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等），那么员工主动离职通常是没有经济补偿的。
- 在公司组织架构调整、部门合并但岗位仍然存在的情况下，如果员工选择继续留在公司工作，或者虽然选择离职但并非因为公司的原因（如个人职业规划、家庭因素等），那么员工主动离职将不会获得经济补偿。
特殊情况下的协商离职：
- 如果员工与公司就离职事宜进行协商，并达成一致意见，公司可能会根据协商结果给予员工一定的经济补偿。但这种补偿并非法律强制要求，而是基于双方的协商和自愿原则。
二、公司违法解除劳动合同
有赔偿情况：
- 如果公司因组织架构调整、部门合并等原因，单方面解除与员工的劳动合同，且解除行为违反了《劳动合同法》的相关规定（如未提前三十日以书面形式通知劳动者本人、未支付经济补偿等），那么员工有权要求公司支付赔偿金。
- 根据《劳动合同法》第四十七条和第八十七条的规定，赔偿金的标准为经济补偿标准的二倍。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
公司合法解除但需支付经济补偿的情况：
- 如果公司因组织架构调整、部门合并等客观情况发生重大变化，致使原劳动合同无法履行，且经公司与员工协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的，公司可以提前三十日以书面形式通知员工或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同，并支付经济补偿。
- 在这种情况下，经济补偿的标准同样按照《劳动合同法》第四十七条的规定执行。
三、建议与注意事项
保留证据：
- 无论员工是主动离职还是被动离职，都建议保留好与离职相关的证据，如离职申请书、解除劳动合同通知书、工资单、社保缴纳记录等。这些证据在后续可能发生的劳动争议中将起到关键作用。
咨询专业意见：
- 如果员工对公司解除劳动合同的行为有异议，或者不确定自己是否有权获得经济补偿或赔偿金，建议及时咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况为员工提供法律建议和帮助。
协商与调解：
- 在发生劳动争议时，员工可以尝试与公司进行协商和调解，以达成双方都能接受的解决方案。如果协商和调解无果，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
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