结论：员工离职后借款未还，选择仲裁还是起诉，需根据借款时是否签订了有效的仲裁协议或仲裁条款来决定。若无仲裁协议或条款，则通常需通过起诉解决。
详细分析：
仲裁途径：
- 前提条件：若员工与公司之间在借款时签订了有效的仲裁协议或仲裁条款，明确约定了因借款产生的争议应提交仲裁解决，那么在这种情况下，公司可以选择通过仲裁途径来追讨借款。
- 仲裁优势：仲裁通常具有更高的灵活性和保密性，且仲裁裁决具有终局性，一旦作出即对双方产生法律约束力，有助于快速解决争议。
- 仲裁流程：若选择仲裁，需按照仲裁协议或条款中约定的仲裁机构和仲裁规则进行申请，提交相关证据材料，并参与仲裁庭的审理和裁决过程。
起诉途径：
- 前提条件：若员工与公司之间未签订仲裁协议或仲裁条款，或者仲裁协议或条款被认定为无效，那么公司只能选择通过起诉途径来追讨借款。
- 起诉流程：起诉需向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，提交起诉状和相关证据材料，并按照法院的审理程序参与庭审和判决过程。
- 起诉优势：起诉具有更强的法律强制力，一旦法院作出判决，若员工不履行判决义务，公司可以申请强制执行，确保借款得到追回。
法律建议：
- 审查合同：首先，公司应仔细审查与员工签订的借款合同或相关协议，确认是否存在有效的仲裁协议或仲裁条款。
- 选择途径：根据审查结果，公司应选择合适的争议解决途径。若存在有效的仲裁协议或条款，且公司希望快速解决争议并保持保密性，可以选择仲裁；若不存在或仲裁协议无效，则应选择起诉。
- 准备证据：无论选择仲裁还是起诉，公司都应准备充分的证据材料来支持自己的主张，如借款合同、转账记录、员工离职证明等。
- 咨询专业：在处理此类争议时，公司可以咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。
可能后果：
- 仲裁后果：若选择仲裁并胜诉，仲裁裁决将对双方产生法律约束力，员工需按照裁决履行还款义务。若员工不履行，公司可以申请法院强制执行。
- 起诉后果：若选择起诉并胜诉，法院将作出判决要求员工还款。若员工不履行判决义务，公司同样可以申请法院强制执行。同时，起诉过程可能相对较长，且公开审理可能涉及公司商业秘密的泄露风险。
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