结论：公司以“留守机关”为要求签订意愿书是否合法，需根据意愿书的具体内容、签订背景及目的综合判断。若意愿书内容合法、双方自愿且不违反法律强制性规定，则合法；反之，若存在强迫、内容违法或侵犯劳动者权益等情形，则不合法。

详细分析：

1. 意愿书的性质与效力：

   • 意愿书在法律上通常被视为一种协议或声明，其效力取决于具体内容及双方的真实意思表示。若意愿书内容明确、合法，且双方自愿签订，则具有法律效力。
   • 若意愿书涉及劳动合同的变更、解除或终止等核心条款，需严格遵守《劳动合同法》等相关法律法规的规定，否则可能因违法而无效。

2. “留守机关”要求的合法性：

   • 公司要求员工“留守机关”可能出于多种原因，如业务需要、安全考虑等。若该要求合理且不违反法律法规，且员工自愿接受，则合法。
   • 若公司以不合法或不合理的方式（如强迫、威胁等）要求员工签订意愿书，或意愿书内容侵犯员工合法权益（如降低工资、取消福利等），则该要求不合法。

3. 签订意愿书的注意事项：

   • 自愿性：员工在签订意愿书时应确保是出于自愿，而非受到公司的强迫或威胁。
   • 内容合法性：意愿书的内容应合法，不得违反法律法规的强制性规定，也不得侵犯员工的合法权益。
   • 明确性：意愿书应明确双方的权利和义务，避免模糊不清或产生歧义。
   • 书面形式：为了保障双方的权益，意愿书最好以书面形式签订，并由双方签字或盖章确认。

4. 可能的法律后果：

   • 若意愿书合法有效，双方应按照约定履行义务。若一方违约，另一方有权依法追究其法律责任。
   • 若意愿书因违法或不合理而无效，公司可能面临劳动行政部门的处罚，同时员工也有权要求公司承担相应的法律责任。

建议：

• 对于员工：在签订意愿书前，应仔细阅读并理解其内容，确保自己的权益不受侵犯。如有疑问或不确定之处，应及时向公司或专业律师咨询。
• 对于公司：在要求员工签订意愿书时，应确保内容合法、合理且明确，同时尊重员工的意愿和选择。避免采取强迫或威胁等不合法手段。

特殊情况说明：

• 若意愿书涉及劳动合同的变更或解除等重大事项，公司应提前与员工进行充分沟通，并按照法定程序进行操作。
• 若员工对意愿书内容有异议或拒绝签订，公司应尊重员工的决定，并寻求其他合法合理的解决方案。

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