结论：仓库失职导致审计亏损，是否可以开除员工需分情况讨论，不能一概而论，需结合具体失职情形、公司制度及法律规定综合判断。以下是详细分析：

1. 若员工存在“严重失职”且“造成重大损害”，公司可依法解除劳动合同

根据《劳动合同法》第三十九条第三项，劳动者因严重失职、营私舞弊给用人单位造成重大损害的，用人单位可解除劳动合同且无需支付经济补偿。
关键点：

• 严重失职：需达到“故意或重大过失”程度，如故意违反操作流程、擅自离岗导致货物被盗或损坏等。若仅为一般疏忽（如未及时盘点但未造成实际损失），则不构成。
  
• 重大损害：需公司能证明亏损与员工失职存在直接因果关系，且损失金额达到公司规章制度或行业惯例中的“重大”标准（如超过月工资的数倍）。
  建议：公司需留存证据（如监控录像、操作记录、审计报告等），并在规章制度中明确“重大损害”的量化标准，否则可能被认定为违法解除。

2. 若员工失职未达“严重”程度，或公司制度未明确规定，解除合同可能违法

若员工仅存在轻微过失（如记录错误但未影响实际库存），或公司未在规章制度中明确“失职行为与解除合同的关联性”，则直接开除可能被认定为违法解除。
后果：根据《劳动合同法》第四十八条，员工可要求继续履行合同或索赔赔偿金（按工作年限，每满一年支付两个月工资）。
建议：公司应先通过警告、扣薪、调岗等措施纠正员工行为，若仍无改善，再依据制度处理。

3. 程序合法性：解除合同需履行法定程序

即使员工存在严重失职，公司也需按以下程序操作，否则仍可能被认定为违法：

• 通知工会：解除前需将理由通知工会（如有）；
  
• 书面告知：向员工送达书面解除通知，明确理由及依据；
  
• 允许申辩：听取员工陈述或申辩，避免“一刀切”。
  

4. 特殊情形：员工是否属于“不能胜任工作”

若仓库亏损因员工能力不足（如长期盘点错误）而非故意失职，公司需按《劳动合同法》第四十条处理：先培训或调岗，仍不能胜任的方可解除，且需支付经济补偿。

总结建议：

1. 公司应优先核查规章制度是否明确“失职行为与解除合同的关联性”；
   
2. 收集证据证明失职与亏损的直接因果关系；
   
3. 严格履行法定程序，避免程序瑕疵；
   
4. 若证据不足或程序违法，建议通过协商、调岗等方式化解矛盾，降低法律风险。
   

如有具体案例或证据材料，可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析。