结论：三班两倒工作制度下班长是否应发加班费，需根据具体情况判断，主要看班长的实际工作时间是否超出了法定工作时间，以及是否存在加班的事实。
分析角度一：法定工作时间与加班的认定
根据《劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。如果班长在三班两倒的工作制度下，其实际工作时间超出了这个法定标准，那么超出部分就应当视为加班。例如，如果班长每周工作超过44小时，或者在某些特定日子（如节假日）工作，这些都可能构成加班，从而有权获得加班费。
分析角度二：加班费的计算与支付
加班费的计算：如果班长确实存在加班情况，那么加班费应当按照《劳动法》的规定进行计算。一般来说，工作日加班的加班费不低于工资的百分之一百五十；休息日加班又不能安排补休的，加班费不低于工资的百分之二百；法定休假日加班的，加班费不低于工资的百分之三百。
加班费的支付：用人单位应当按照计算出的加班费数额，及时足额支付给班长。如果用人单位未支付或者未足额支付加班费，班长有权向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
分析角度三：特殊情况的考虑
综合计算工时制：有些用人单位可能实行综合计算工时制，即按照一定周期（如月、季、年）来综合计算工作时间。在这种情况下，如果班长的平均工作时间未超过法定标准，那么即使某些天或某些周的工作时间较长，也可能不视为加班。但是，这需要用人单位事先经过劳动行政部门的批准，并且按照规定进行工时计算和加班费支付。
不定时工作制：对于某些特殊岗位（如高级管理人员、外勤人员等），用人单位可能实行不定时工作制。在这种情况下，班长的工作时间可能不受固定工时的限制，因此也不存在加班费的问题。但是，这同样需要用人单位事先经过劳动行政部门的批准，并且确保班长的休息权益得到保障。
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