结论：关于“工资有两天三倍工资要把自己工资去掉吗”这个问题，一般情况下，计算三倍工资时不需要从基本工资中扣除原有工资，而是直接在原有工资基础上增加两倍的工资作为加班费。不过，具体是否需要扣除以及扣除的方式，还需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规的具体规定来确定。
分析说明：
法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这里的“百分之三百”是在原有工资基础上的额外支付，即除了原本应得的工资外，还需额外支付两倍的工资作为加班费。
- 因此，从法律法规的角度来看，计算三倍工资时并不需要从基本工资中扣除原有工资。
劳动合同与公司规章制度角度：
- 劳动合同和公司规章制度是确定劳动者工资和加班费支付方式的重要依据。如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了计算三倍工资时需要扣除原有工资，那么劳动者和用人单位应当按照这一规定执行。
- 但需要注意的是，如果劳动合同或公司规章制度中的规定与法律法规相抵触，那么这些规定将是无效的，劳动者和用人单位应当遵循法律法规的规定。
实际操作角度：
- 在实际操作中，大多数用人单位在计算三倍工资时并不会从基本工资中扣除原有工资，而是直接在原有工资基础上增加两倍的工资作为加班费。
- 如果用人单位在计算三倍工资时扣除了原有工资，劳动者可以与用人单位进行沟通协商，要求用人单位按照法律法规的规定支付加班费。如果沟通协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
特殊场景：
- 如果劳动者与用人单位在劳动合同或公司规章制度中另有约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应当按照约定来执行。但这种情况相对较少见，且需要劳动者在签订劳动合同时仔细阅读并理解相关条款。
行动建议：
- 如果你对用人单位计算三倍工资的方式有疑问或不满，建议首先与用人单位进行沟通协商，明确计算方式和依据。
- 如果沟通协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请劳动仲裁时，你需要提供相关的证据材料，如劳动合同、工资条、加班记录等。
最终结论补充说明：
- 总的来说，计算三倍工资时一般不需要从基本工资中扣除原有工资。但具体是否需要扣除以及扣除的方式还需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规的具体规定来确定。如果你对此仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。