结论：在上下班途中发生交通事故且被认定为工伤的情况下，工资主要由用人单位负责支付。具体来说，治疗工伤期间的工资福利，包括停工留薪期内的工资，都应由用人单位承担。若单位未缴纳工伤保险，则所有应由工伤保险基金支付的费用（在涉及工资福利方面主要体现为停工留薪期工资的支付保障，不过工伤保险基金本身不直接支付工资，而是单位未参保时单位需承担包括工资在内的全部工伤待遇支付责任）也将由单位全额承担。
详细分析：
工伤认定与工资支付责任：
- 根据《工伤保险条例》第十四条，职工在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害，应认定为工伤。
- 一旦认定为工伤，根据《中华人民共和国社会保险法》第三十九条，治疗工伤期间的工资福利由用人单位支付。这包括停工留薪期内的工资，一般不超过12个月，特殊情况下可适当延长，但延长不得超过12个月。支付标准通常按工伤职工受伤前12个月的平均工资发放。
工伤保险基金的作用与单位责任：
- 如果用人单位依法为职工缴纳了工伤保险，工伤保险基金将承担部分工伤待遇支付责任，如医疗费用、康复费用、一次性伤残补助金等。但停工留薪期工资始终由用人单位负责支付。
- 若单位未缴纳工伤保险，则所有应由工伤保险基金支付的费用（在工资福利方面主要体现为对单位支付停工留薪期工资的保障要求，即单位需承担全部工伤待遇，包括原本应由工伤保险基金支付的部分对应的工资福利保障责任）都将由单位全额承担，这自然包括了停工留薪期内的工资。
交通事故侵权赔偿与工伤待遇的协调：
- 在交通事故引发的工伤情形中，职工除了享受工伤待遇外，还有权向交通事故的责任方寻求赔偿。这包括因误工减少的收入等赔偿。
- 然而，在实际操作中，误工费与停工留薪期工资可能存在重叠。部分地区采取补差方式，即如果交通事故赔偿中的误工费低于停工留薪期工资，用人单位需补足差额。也有地区规定职工不能同时享受这两项待遇，需选择其一，通常选择对自己更有利的赔偿方式。但无论如何，工伤职工在治疗期间的工资福利不会因此受到影响，用人单位仍需承担相应的支付责任。
建议与注意事项：
- 及时申请工伤认定：职工应在事故伤害发生之日起一年内，向用人单位所在地社会保险行政部门提出工伤认定申请。这是享受工伤保险待遇的前提。
- 保留相关证据：职工应保留好所有与交通事故和工伤相关的证据，如医疗记录、交通事故责任认定书等，以便在向用人单位或交通事故责任方寻求赔偿时能够提供有力支持。
- 咨询专业律师：虽然我在这里为您提供了一些基本的法律知识和建议，但每个具体案件都有其独特性和复杂性。因此，在处理此类问题时，建议您直接向我咨询，以便我能根据您的具体情况提供更详细、更专业的法律意见。
总结：在上下班途中发生交通事故且被认定为工伤的情况下，工资主要由用人单位负责支付。职工应了解自己的权益，并在必要时寻求法律援助以确保获得应有的赔偿。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。