结论：在约定了有效的仲裁条款后，当事人一般应通过仲裁解决争议，而不能直接向法院起诉。但在特定情况下，如仲裁条款无效、双方放弃仲裁协议或仲裁裁决被撤销或不予执行时，当事人可以向法院提起诉讼。以下是对这一结论的详细分析：
一、仲裁条款的效力与选择
双方当事人在合同中约定仲裁条款，或者事后达成书面仲裁协议，且该仲裁事项属于法律规定的可仲裁范围时，仲裁条款即具有法律效力。这意味着，当发生争议时，当事人应当按照约定申请仲裁，而不是向法院提起诉讼。仲裁和诉讼是并列的两种解决争议的方式，一旦选择了仲裁，就意味着接受了仲裁的规则和程序，以及仲裁裁决的结果。
二、仲裁条款排除法院司法管辖权
仲裁协议具有排除法院司法管辖权的法律效力。这是仲裁制度的基本原则之一，也是保障仲裁独立性和权威性的重要体现。如果当事人之间已经存在有效的仲裁条款，那么当出现约定范围内的争议时，应当通过仲裁途径解决，而不能再向法院起诉。
三、特殊情况下的法院诉讼
尽管仲裁条款具有排除法院司法管辖权的效力，但在以下特殊情况下，当事人仍然可以向法院提起诉讼：
仲裁条款无效：
- 如果仲裁条款本身存在法定无效的情形，如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等，那么该仲裁条款自始无效，当事人可以向法院起诉。
- 法律依据：《中华人民共和国仲裁法》第十七条明确规定了仲裁协议无效的情形。
放弃仲裁协议：
- 双方当事人可以通过明示或默示的方式放弃仲裁协议。例如，在仲裁程序启动前，双方一致同意将争议提交法院解决，或者以实际行动表明不再履行仲裁协议，那么此时当事人可以向法院起诉。
仲裁裁决被撤销或不予执行：
- 如果仲裁裁决作出后，该裁决被有管辖权的法院依法撤销或者裁定不予执行，那么当事人可以就该争议向法院提起诉讼。这是因为在这种情况下，仲裁裁决已经失去了法律效力，当事人需要通过其他途径解决争议。
- 法律依据：虽然直接的法律条文可能并未明确提及此点，但根据仲裁裁决的效力和司法审查原则，可以合理推断出此结论。
四、实务操作建议
- 审查仲裁协议有效性：在签订合同时，应仔细审查仲裁条款的内容，确保其明确约定了仲裁机构、仲裁事项和仲裁规则，且内容合法有效。
- 遵守程序要求：如果存在有效的仲裁协议，当事人应及时向选定的仲裁委员会提交申请，并遵循仲裁的规则和程序进行争议解决。
- 关注时效问题：仲裁时效通常为两年（具体依合同约定或法律规定），逾期可能丧失胜诉权。因此，当事人应在时效期内及时行使权利。
五、典型案例说明
- 案例1：甲公司与乙公司签订买卖合同并约定仲裁条款。发生纠纷后甲公司直接起诉，法院以存在有效仲裁协议为由裁定不予受理。这说明了有效仲裁协议对法院司法管辖权的排除作用。
- 案例2：丙与丁的借款合同中仲裁条款因未明确仲裁机构被认定无效，双方可直接向法院起诉。这展示了仲裁条款无效时，当事人可以向法院提起诉讼的情形。
综上所述，当事人在约定了有效的仲裁条款后，一般应通过仲裁解决争议。但在特定情况下，如仲裁条款无效、双方放弃仲裁协议或仲裁裁决被撤销或不予执行时，当事人可以向法院提起诉讼。因此，在实际操作中，当事人应当根据具体情况灵活应对，确保自身权益得到有效维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。