在约定了有效的仲裁条款后，当事人一般应通过仲裁解决争议，而不能直接向法院起诉。但在特定情况下，如仲裁条款无效、双方放弃仲裁协议或仲裁裁决被撤销或不予执行时，当事人可以向法院提起诉讼。以下是对这一问题的详细分析：

一、仲裁条款的效力与选择

双方当事人在合同中约定了仲裁条款，或者事后达成了书面仲裁协议，并且该仲裁事项属于法律规定的可仲裁范围，那么当发生争议时，应当按照约定申请仲裁，而不是向法院提起诉讼。这是因为仲裁和诉讼是并列的两种解决争议的方式，它们各自有独立的程序和规则。一旦选择了仲裁，就意味着接受了仲裁的规则和程序，以及仲裁裁决的结果。

二、仲裁条款排除法院司法管辖权

仲裁协议具有排除法院司法管辖权的法律效力。这意味着，如果当事人之间已经存在有效的仲裁条款，那么当出现约定范围内的争议时，应当通过仲裁途径解决，而不能再向法院起诉。这是仲裁制度的基本原则之一，也是保障仲裁独立性和权威性的重要体现。

三、特殊情况下的法院诉讼

尽管仲裁条款具有排除法院司法管辖权的效力，但在以下特殊情况下，当事人仍然可以向法院提起诉讼：

1. 仲裁条款无效：

   • 如果仲裁条款本身存在法定无效的情形，如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围（如婚姻纠纷等不可仲裁事项）、无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等，那么该仲裁条款自始无效，当事人可以向法院起诉。

2. 放弃仲裁协议：

   • 双方当事人可以通过明示或默示的方式放弃仲裁协议。例如，在仲裁程序启动前，双方一致同意将争议提交法院解决，或者以实际行动表明不再履行仲裁协议，那么此时当事人可以向法院起诉。

3. 仲裁裁决被撤销或不予执行：

   • 如果仲裁裁决作出后，该裁决被有管辖权的法院依法撤销或者裁定不予执行，那么当事人可以就该争议向法院提起诉讼。这是因为在这种情况下，仲裁裁决已经失去了法律效力，当事人需要通过其他途径解决争议。

四、实际操作建议

1. 仔细审查仲裁条款：在签订合同时，当事人应仔细审查仲裁条款，确保其有效性并了解可能的例外情况。如果仲裁条款存在模糊或不明确的地方，应及时与对方协商修改，以避免后续的法律纠纷。

2. 严格遵守仲裁条款：在发生争议时，应严格按照仲裁条款的约定来寻求救济途径。如果确实需要通过诉讼方式解决争议，应尝试与对方当事人协商修改合同条款，或者通过其他合法途径来推翻或认定仲裁条款的无效性。

3. 保留相关证据和材料：无论选择仲裁还是诉讼方式解决争议，当事人都应保留好相关证据和材料，以便在必要时证明自己的权益或应对可能出现的特殊情况。

举例说明：假设甲公司和乙公司在合同中明确约定了将因合同产生的一切争议提交某仲裁委员会进行仲裁。后来，双方因合同履行问题发生纠纷。如果仲裁条款有效且双方未放弃仲裁协议，那么甲公司应向约定的仲裁委员会申请仲裁，而不能直接向法院起诉。但是，如果仲裁条款存在无效情形（如仲裁事项超出法律规定的仲裁范围），或者双方一致同意放弃仲裁协议并选择向法院起诉，那么甲公司就可以向法院提起诉讼。

总之，在处理涉及仲裁条款的争议时，当事人应根据具体情况灵活应对，并咨询专业律师以获取准确的法律意见。如果你有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。