结论：在协议中约定了有效的仲裁条款后，当事人一般应通过仲裁解决争议，原则上不能向法院起诉。但在特定情况下，如仲裁条款无效、双方放弃仲裁协议或仲裁裁决被撤销或不予执行时，当事人可以向法院提起诉讼。
一、仲裁条款的效力及一般原则
- 排除法院管辖权：仲裁条款是双方当事人自愿将他们之间已经发生或可能发生的争议提交仲裁解决的书面协议。一旦仲裁条款有效成立，即具有排除法院对该争议案件管辖权的效力。这意味着，如果双方当事人在合同中明确约定了有效的仲裁条款，且该条款符合法律规定的有效要件，那么当发生约定范围内的争议时，应当通过仲裁方式解决，而不能直接向法院提起诉讼。
- 法院的处理方式：法院在受理案件前发现存在有效仲裁条款的，通常会裁定不予受理；若在受理后才发现，一般会驳回起诉，并告知当事人应通过仲裁方式解决争议。
二、可以起诉的特殊情形
尽管仲裁条款原则上排除了法院的管辖权，但在以下特殊情形下，当事人仍然可以向法院起诉：
仲裁条款无效：
- 仲裁机构不明确且无法确定。
- 仲裁事项超出法律规定的仲裁范围，例如婚姻纠纷等不可仲裁事项。
- 仲裁条款的签订人无民事行为能力或者限制民事行为能力。
- 一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议。
在这些情况下，仲裁条款因不符合法律规定而无效，当事人有权向法院起诉。
双方协商一致放弃仲裁条款：
- 如果双方当事人通过书面或其他明确方式表示放弃原仲裁条款，并同意通过诉讼解决争议，那么此时可以直接向法院起诉。例如，在仲裁程序启动前，双方一致同意将争议提交法院解决，或者以实际行动表明不再履行仲裁协议。
仲裁裁决被撤销或不予执行：
- 当仲裁裁决作出后，如果出现法定情形导致仲裁裁决被人民法院撤销或者不予执行，当事人可以就该纠纷向法院提起诉讼。这是因为在这种情况下，仲裁裁决已经失去了法律效力，当事人需要通过其他途径解决争议。
三、实际操作建议
- 充分了解仲裁条款：在签订合同时，当事人应充分了解仲裁条款的含义和后果，确保自己明白选择仲裁作为争议解决方式的法律意义。
- 严格遵守仲裁条款：在发生争议时，应严格按照仲裁条款的约定来寻求救济途径，避免不必要的法律纠纷和损失。
- 协商修改或推翻仲裁条款：如果确实需要通过诉讼方式解决争议，当事人可以尝试与对方当事人协商修改合同条款，或者通过其他合法途径来推翻或认定仲裁条款的无效性。例如，可以寻求证据证明仲裁条款存在无效情形，或者与对方达成新的书面协议放弃仲裁条款。
在实际操作中，当事人应当根据具体情况灵活应对，确保自身权益得到有效维护。如果遇到复杂的法律问题或不确定如何操作，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。