综合工资制下，辞退赔偿的计算基数一般不包含加班费，但特殊情况可能包含，需根据具体情况和法律法规综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、法律规定层面

1. 《劳动合同法》第四十七条：明确规定了经济补偿金的计算方式，即按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
2. 《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条：进一步解释了经济补偿金的月工资计算方式，指出月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。然而，此条例并未直接明确加班费是否计入其中。
3. 《关于工资总额组成的规定》：指出工资总额由计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资、特殊情况下支付的工资六个部分组成。但在计算经济补偿金时，并非所有组成部分都纳入计算基数。

二、不包含加班费的理由

1. 经济补偿金的性质：经济补偿金是对劳动者在劳动关系存续期间为用人单位提供劳动的一种补偿，主要弥补劳动者的稳定就业预期。而加班费是劳动者额外付出劳动所获得的报酬，两者性质不同。
2. 计算的合理性：将加班费计入经济补偿金可能导致数额过高，对用人单位不公平，也不符合经济补偿金的设立初衷。
3. 实践操作倾向：在实际的劳动争议案件处理中，多数仲裁机构和法院也倾向于认为经济补偿金的计算基数不包含加班费。例如，在一些案例中，劳动者主张将加班费计入经济补偿金计算基数，但仲裁委或法院在审理时，会根据相关法律法规及实际情况，判定加班费不属于经济补偿金的计算范畴。

三、包含加班费的情况

1. 特殊情况下的约定：如果用人单位与劳动者在劳动合同或其他协议中对经济补偿金的计算基数有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么可以按照约定执行，此时可能包含加班费。例如，某公司与员工签订的劳动合同中明确约定：“在计算经济补偿金时，员工的月工资包括基本工资、绩效工资以及加班费等各项收入。”当该公司辞退员工需要支付经济补偿金时，就应当按照合同约定，将加班费纳入计算基数。
2. 恶意规避法律的情况：如果用人单位恶意将本应计入正常工作时间的收入计入加班工资，以减少正常工作时间工资和经济补偿金标准，劳动者有权要求将这部分“加班工资”重新计入正常工作时间的工资，并据此计算经济补偿金。

四、实际操作建议

1. 明确补偿标准：企业和劳动者在签订劳动合同时，应明确辞退补偿的标准和范围，特别是关于是否包含加班费的问题，以避免后续纠纷。
2. 保存加班证据：劳动者应妥善保存加班的相关证据，如加班审批单、考勤记录等，以便在需要时维护自己的权益。
3. 协商与仲裁：若对辞退补偿金额存在异议，劳动者应与用人单位进行协商；协商无果时，可向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。

在实际操作中，应综合考虑劳动者的实际工资收入情况、用人单位的支付能力以及双方的具体约定。如果你有具体的劳动争议问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。