董事长未经股东会决议侵占公章属于严重的公司治理违规行为，可能涉及民事侵权、行政违法甚至刑事犯罪，需根据具体情形采取法律措施。以下分情况说明处理路径：

1. 民事救济：通过诉讼确认行为无效并追责

• 法律依据：根据《公司法》第147条，董事、高管负有忠实和勤勉义务，侵占公章属于滥用职权损害公司利益，股东可依据《公司法》第151条提起股东代表诉讼，要求董事长返还公章并赔偿损失。
• 操作步骤：
  1. 书面催告：先以公司名义（如监事会或股东联合）向董事长发出书面通知，要求限期返还公章并说明理由。
  2. 召开临时股东会：若董事长拒不配合，可依据《公司法》第39条召开临时股东会，形成决议罢免董事长或授权其他主体接管公章。
  3. 提起诉讼：若内部程序无法解决，股东可直接以自己名义代表公司起诉董事长，要求返还公章并赔偿因侵占导致的损失（如合同违约、信誉损失等）。

2. 行政举报：向市场监管部门反映违规行为

• 适用情形：若董事长同时存在伪造公司文件、虚假登记等行为，可依据《市场主体登记管理条例》第40条向市场监管部门举报，要求其介入调查并责令改正。
• 证据要求：需提供公章被侵占的初步证据（如监控录像、证人证言、用章记录等），以及董事长未获股东会授权的证明（如股东会决议、公司章程条款等）。

3. 刑事控告：追究董事长刑事责任

• 可能罪名：
  • 职务侵占罪（《刑法》第271条）：若董事长将公章用于个人目的（如私自签订合同、转移公司资产），且数额较大（通常6万元以上），可构成此罪。
  • 背信损害上市公司利益罪（《刑法》第169条之一）：若公司为上市公司，董事长利用职务便利损害公司利益，情节严重的，可追究刑事责任。
• 操作要点：需向公安机关经侦部门报案，并提供公章被非法使用的具体证据（如合同、转账记录等），以及董事长主观故意的证明（如内部邮件、会议记录等）。

4. 公司内部治理：通过章程或决议限制权力

• 预防措施：若问题尚未引发纠纷，建议公司立即修订章程，明确公章保管、使用规则（如“公章由专人保管，使用需经董事长和总经理双签”），并规定董事长越权行为的处罚条款。
• 紧急处置：若公章已被侵占，可依据章程召开董事会或股东会，形成决议宣布原公章作废，并申请新公章备案（需提供侵占证据及内部决议文件）。

⚠️ 关键风险提示

• 证据固定：所有行动均需以书面、录音、录像等形式固定证据，避免口头沟通导致举证困难。
• 程序合法性：内部决议（如罢免董事长、申请新公章）需严格遵循公司章程和《公司法》规定的程序，否则可能被认定为无效。
• 避免冲突升级：在追讨公章过程中，避免与董事长发生直接冲突，建议通过律师发函或第三方调解机构介入。

建议立即采取行动：先通过书面催告和临时股东会尝试内部解决，若无效则尽快启动诉讼或刑事控告程序。具体操作需结合公司章程、股权结构及证据情况设计方案，可进一步向我提供细节后制定详细策略。