针对您提出的“公司小股东侵占公章怎么处理”的问题，这是一个涉及公司治理、权益保护及法律合规的重要议题。以下是我为您提供的详细解决方案：
一、明确公章的法律地位
首先，需要明确的是，公司公章作为法人财产，其使用权和管理权应归公司所有。股东，无论其持股比例大小，都无权私自占有或使用公章。小股东侵占公章的行为，不仅违反了公司章程和内部管理规定，更可能触犯法律，因此必须通过合法途径及时收回。
二、初步应对措施：沟通协商
友好沟通：建议您首先与侵占公章的小股东进行友好沟通，了解其占有公章的具体原因和动机。在沟通过程中，要阐明公章的重要性和公司对其的合法权益，以及私占可能带来的法律后果，包括民事责任和可能的刑事责任。
保留证据：在沟通过程中，务必保留好相关的聊天记录、通话录音、书面回复等证据。这些证据在后续可能涉及的法律程序中，将起到至关重要的作用。
三、公司内部治理措施
依据公司章程：查阅公司章程，明确公章的保管、使用及股东行为规范。如果章程中有明确规定，且小股东的行为确实违规，您可以依据章程召开董事会或股东会，形成决议要求其归还公章。
完善管理制度：借此机会，公司应完善公章的使用和管理规定，确保公章的合法使用和保护。这包括明确公章的保管责任人、使用审批流程等，以防止类似事件再次发生。
四、法律途径
民事诉讼：如果沟通和内部治理措施均无效，公司可以考虑向人民法院提起民事诉讼，请求法院判决小股东归还公章并赔偿损失。在诉讼过程中，您需要提供充分证据，如公司章程、股东会决议、公章购置记录等，以证明公章归属及小股东非法占有的事实。
刑事报案：如果小股东占有公章的行为涉嫌犯罪，如侵占罪、合同诈骗罪等，公司应立即向公安机关报案，请求其介入调查并处理。在报案时，您需要提供相关证据材料，协助公安机关立案侦查，追究小股东的刑事责任。
五、紧急措施：变更公章
在情况紧急且无法通过上述途径迅速收回公章时，公司可以考虑向公安机关申请备案并重新刻制公章。重新刻制后，务必及时通知公司的合作伙伴、客户等相关方，避免因公章变更产生不必要的纠纷。
六、预防措施
加强内部管理：完善公司治理结构，明确各部门职责和权限，加强对公章等重要财物的监管。
采用科技手段：考虑引入电子公章等现代科技手段，提高公章使用的安全性和便捷性，降低被私自占用的风险。
定期培训：对公司员工进行法律知识培训，提高其法律意识和风险防范能力，确保公司运营的合规性和安全性。
综上所述，面对小股东侵占公章的情况，公司应通过沟通协商、公司内部治理、法律途径和紧急措施等多种方式综合施策，以维护公司的合法权益和正常运营秩序。同时，加强预防措施也是必不可少的环节，以确保公司公章的安全和有效管理。