核心结论：针对公章被小股东非法占有的情况，可通过协商解决、发送律师函、提起诉讼或申请行为保全等法律手段来处理，具体如下：

1. 协商解决：

   • 前提与操作：首先，尝试与非法占有公章的小股东进行友好协商，明确指出其行为的违法性，并要求其立即归还公章。协商过程中，可以记录沟通内容，包括时间、地点、参与人员及协商结果，以备后续可能的法律程序使用。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，股东应当遵守公司章程，不得滥用股东权利损害公司或其他股东的利益。非法占有公章显然违反了这一原则。

2. 发送律师函：

   • 前提与操作：若协商无果，可委托律师向非法占有公章的小股东发送律师函，正式警告其停止侵权行为，并限定归还公章的期限。律师函应明确阐述法律后果，以增加其心理压力。
   • 法律效力：律师函虽不具有强制执行力，但作为一种正式的法律文件，能够表明公司维护自身权益的坚定立场，有时能促使对方主动归还公章。

3. 提起诉讼：

   • 前提与操作：若上述措施均未能解决问题，公司可向法院提起诉讼，要求非法占有公章的小股东返还公章，并可能要求赔偿因此造成的损失。诉讼过程中，需准备充分的证据，如公司章程、股东会决议、公章使用记录、协商记录及律师函等。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于物权保护的规定，公司作为公章的所有权人，有权要求非法占有人返还。同时，若因公章被非法占有导致公司遭受损失，还可依据侵权责任法要求赔偿。

4. 申请行为保全：

   • 前提与操作：在提起诉讼的同时或之前，若情况紧急，公司可向法院申请行为保全，要求法院裁定非法占有公章的小股东立即停止侵权行为，并返还公章。行为保全是一种临时性的救济措施，能够迅速有效地制止侵权行为。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》中关于行为保全的规定，公司因情况紧急，不立即申请保全将会使其合法权益受到难以弥补的损害的，可以在提起诉讼或者申请仲裁前向被保全财产所在地、被申请人住所地或者对案件有管辖权的人民法院申请采取保全措施。

额外建议：

• 在处理此类事件时，公司应确保所有行动均符合法律法规，避免采取过激行为导致自身陷入法律纠纷。
• 同时，公司应加强内部管理，完善公章使用制度，防止类似事件再次发生。例如，可以设立公章使用登记制度，明确公章的保管责任和使用流程。
• 若公司内部存在治理结构问题或股东间矛盾，建议寻求专业法律帮助，通过调解、仲裁或诉讼等方式妥善解决，以维护公司的长期稳定发展。