公司三个月后才开始为员工缴纳五险一金是不合法的，这一行为违反了我国相关法律法规的明确规定。

法律依据：

根据《中华人民共和国社会保险法》第五十八条，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。这表明，从员工入职的第一天起，用人单位就承担了为其缴纳社保的法定义务，且这一义务的最晚履行期限是入职后的30天。如果公司未按时办理，社会保险经办机构将核定其应缴费用，并可能对公司进行处罚。

法律后果：

1. 对员工权益的影响：

   • 如果公司未依法为员工缴纳社会保险费，员工有权依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。经济补偿的标准通常与员工在本单位的工作年限相关，每满一年支付一个月工资。

2. 对公司的法律责任：

   • 根据《中华人民共和国社会保险法》第八十四条，如果公司不办理社会保险登记或未按时足额缴纳社保费，社会保险行政部门将责令其限期改正。若公司逾期不改正，将面临应缴社会保险费数额一倍以上三倍以下的罚款，同时，公司的直接负责主管人员和其他直接责任人员也可能受到个人罚款的处罚。

员工维权途径：

1. 沟通协商：员工在发现公司未按时缴纳社保时，应首先尝试与公司的人事或财务部门进行沟通，明确表达补缴的要求，并了解公司未按时缴纳的原因。

2. 正式投诉：如果公司拒绝或无视员工的补缴要求，员工可以向当地的劳动监察部门、社保局等政府机构反映情况。这些机构将依法对公司进行调查，并根据调查结果采取相应的处理措施。

3. 劳动仲裁与诉讼：在必要时，员工还可以申请劳动仲裁或直接提起民事诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。在此过程中，员工应保留好所有相关的证据材料，如劳动合同、工资单、社保缴纳记录等，以便在仲裁或诉讼中提供有力的支持。

综上所述，公司三个月后才开始为员工缴纳五险一金是违法的，严重侵害了员工的合法权益。员工应当充分了解自己的法律权益，并在必要时采取适当的措施来维护这些权益。同时，公司也应严格遵守相关法律法规，确保员工的社保权益得到及时、足额的保障。