结论前置：刚入职不足3月公司体检时发现小三阳而被辞退，员工是有权要求公司支付经济补偿的，但具体是否支付及支付多少，需根据实际情况判断。
详细分析：
法律背景：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在解除劳动合同时，必须遵循合法、公平、诚实信用的原则，并且不得违反法律、行政法规的强制性规定。
- 乙肝小三阳，即乙肝表面抗原阳性、E抗体阳性、核心抗体阳性，通常表示病毒复制不活跃，传染性较低。根据现行法律法规，乙肝病毒携带者（包括小三阳）不应成为就业歧视的理由。
公司辞退行为的合法性分析：
- 如果公司仅因员工体检发现小三阳而直接辞退，且没有其他合法理由（如员工不能胜任工作、严重违反公司规章制度等），则公司的行为可能构成违法解除劳动合同。
- 违法解除劳动合同的，员工有权要求公司支付经济补偿金，甚至可能要求支付赔偿金（通常是经济补偿金的两倍）。
经济补偿的计算：
- 经济补偿的计算通常依据员工在公司的工作年限和月工资来确定。
- 根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 计算公式：经济补偿 = 工作年限 × 月工资（工作年限不足半年的，按0.5个月工资计算；半年以上不足一年的，按1个月工资计算）。
- 在本案例中，由于员工刚入职不足3月，因此经济补偿应为半个月工资。
特殊情况考虑：
- 如果公司能够证明员工的小三阳状况确实影响了其工作能力或构成了对工作环境、其他员工健康的威胁（且这种威胁是合理且必要的），并且公司已经采取了合理的措施（如调整工作岗位、提供必要的医疗支持等）但无法解决问题，那么公司可能有权解除劳动合同而不支付经济补偿。但这种情况非常罕见，且需要公司承担举证责任。
建议行动：
- 员工可以先与公司协商，要求公司支付经济补偿。
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付经济补偿及可能的赔偿金。
- 在整个过程中，员工应保留好相关证据（如体检报告、辞退通知、工资单等），以便在仲裁或诉讼中使用。
总结：刚入职不足3月公司体检时发现小三阳而被辞退，员工通常有权要求公司支付经济补偿。具体是否支付及支付多少，需根据公司的辞退行为是否合法、员工的工作年限和月工资等因素来判断。如有需要，员工可以直接向我咨询相关法律问题。