合同仅约定底薪并不必然导致合同无效或权益受损，但可能影响工资结构、加班费计算及社保缴纳等权益，需结合具体情况分析并采取相应措施。具体如下：

1. 合同效力与底薪约定
   根据《劳动合同法》第17条，劳动合同应当具备“劳动报酬”条款，但未强制要求必须约定绩效、奖金等浮动部分。因此，仅约定底薪的合同本身合法有效，但若用人单位实际发放工资高于底薪（如包含绩效、补贴等），需通过其他证据（如工资条、银行流水、规章制度等）证明实际工资构成，否则可能被认定为以底薪为全部工资标准。

2. 对劳动者权益的影响及应对

   • 加班费计算：若合同未约定加班费基数，根据《劳动法》第44条，加班费通常以“正常工作时间工资”为基数。若底薪被认定为正常工资，则加班费可能低于实际应得金额。建议：要求用人单位在合同或补充协议中明确加班费计算基数，或保留实际工资构成的证据。
     
   • 社保缴纳基数：社保缴费基数通常按劳动者上年度月平均工资确定，但部分地区可能以合同约定工资为基准。若底薪显著低于实际工资，可能导致社保缴费不足。建议：向社保部门投诉或申请劳动仲裁，要求按实际工资补缴社保。
     
   • 经济补偿金计算：根据《劳动合同法》第47条，经济补偿金按“离职前12个月平均工资”计算。若合同仅约定底薪，但实际发放工资包含其他部分，需以实际工资为准。建议：保留工资发放记录，作为主张经济补偿金的依据。

3. 合同补充与完善建议

   • 签订补充协议：与用人单位协商，通过书面补充协议明确工资结构（如底薪+绩效+补贴等）、发放方式及时间，避免后续争议。
     
   • 留存证据：要求用人单位每月提供工资条，注明工资构成及计算方式；保存银行流水、考勤记录、绩效考核表等证据，证明实际工资水平。
     
   • 法律救济途径：若用人单位拒绝补充约定或存在克扣工资行为，可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁，主张按实际工资履行合同或赔偿损失。

总结：合同仅约定底薪不必然损害劳动者权益，但需通过补充约定或留存证据明确实际工资构成。若发生争议，可依据《劳动合同法》《劳动法》等相关规定，通过协商、投诉或仲裁维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。