遇到入职后发现底薪与签合同时不一样的情况，您确实需要谨慎处理。首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条的规定，用人单位是应当按照劳动合同的约定，及时且足额地向劳动者支付劳动报酬的。这是您的合法权益，也是法律赋予您的保障。

在实际操作中，合同工资和实际工资出现不一致，有时是因为一些合理的代扣代缴项目，比如用人单位代扣了您应支付的税费、社保费等。这种情况下，虽然实际到手的工资少了，但并不构成违法，因为这部分费用是依法应当由您承担的。

然而，如果用人单位存在克扣工资的行为，导致实际发放的工资明显低于劳动合同约定的数额，那么这就涉嫌违法了。在这种情况下，您完全有权利进行投诉，以维护自己的合法权益。

除了投诉之外，如果您与用人单位就劳动合同约定或工资数额产生了争议，还可以选择申请调解仲裁。调解仲裁是一种相对快速且有效的解决劳动争议的方式，它可以帮助您和用人单位在平等、自愿的基础上，通过协商达成和解。

因此，我的建议是：首先，您需要仔细核对劳动合同中的工资条款，以及实际发放的工资单，确认是否存在克扣工资的情况；其次，如果确实存在克扣，您可以先尝试与用人单位进行沟通，看是否能够达成和解；最后，如果沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请调解仲裁，以维护自己的合法权益。希望这些建议能够对您有所帮助。