在合同主体和收款方不一致的情况下，发票原则上应由合同主体方开具，但具体开具方需根据实际交易关系、税务规定及双方约定来确定。以下从不同角度进行分析：

1. 从合同相对性原则角度
   合同具有相对性，合同主体是合同权利义务的直接承担者。在正常的商业交易中，发票作为交易凭证，应与合同主体相对应。例如，A公司与B公司签订采购合同，约定由A公司向B公司供货，B公司支付货款。即使实际收款方是B公司指定的第三方C公司，从合同法律关系角度，发票仍应由合同主体B公司向A公司开具，以体现合同项下的交易实质。

2. 从税务合规角度
   根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关税收法规，发票的开具应与真实交易相符。若收款方与合同主体不一致，可能涉及“三流不一致”（合同流、资金流、货物流）问题，存在税务风险。税务机关在核查时，会重点审查交易的真实性。若实际交易方与发票开具方不符，可能被认定为虚开发票，面临税务处罚。因此，为确保税务合规，建议发票开具方与合同主体保持一致；若确实需要由第三方开具发票，应确保有充分的业务佐证材料（如委托收款协议、三方协议等），证明交易的真实性和合理性。

3. 从实际交易关系角度
   若合同主体与收款方的不一致是基于合理的商业安排（如集团内部调拨、指定第三方收款等），且双方对此有明确约定，发票的开具方可根据实际交易关系确定。例如，母公司A与子公司B签订合同，约定由B公司实际履行合同义务，但收款方为A公司。此时，若能证明B公司是实际交易方（如通过货物交付凭证、服务成果验收单等），且A公司与B公司之间有内部结算协议，发票可由B公司开具给合同相对方，或由A公司转开（需符合税务规定）。

4. 从双方约定角度
   合同双方可在合同中明确约定发票的开具方。若合同中已约定由非合同主体方开具发票（如指定第三方开票），且该约定不违反法律法规强制性规定，双方应按约定履行。但需注意，此类约定可能增加税务合规风险，建议在合同中增加保障条款（如要求开票方提供税务合规证明、约定违约责任等），以降低风险。

建议：

• 在签订合同时，尽量保持合同主体、收款方和发票开具方的一致性，以避免后续纠纷和税务风险。
  
• 若确实需要不一致，应在合同中明确约定发票开具方，并附上相关业务佐证材料（如委托收款协议、三方协议等），确保交易的真实性和合规性。
  
• 在实际操作中，建议咨询专业税务人员或律师，确保发票开具符合税务规定和合同约定。
  

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