针对您提出的关于内退后残疾证是否还能留在公司以及公司使用残疾证减税是否违法的问题，我将结合相关政策法规和实际情况，为您进行详细解答。
一、内退后残疾证是否还能留在公司
内退，即内部退养，是企业在不解除劳动合同的情况下，为达到一定年龄或条件的员工提供的一种提前退休的过渡性安排。关于内退后残疾证是否还能留在公司，这主要取决于您与公司之间的具体协议以及公司的相关规定。
协议约定：如果您在办理内退时，与公司有明确的协议约定，残疾证的使用、保管或归属等事项，那么应遵循协议约定执行。
公司规定：如果协议中没有明确约定，或者您没有与公司签订相关协议，那么残疾证的使用和保管应遵循公司的相关规定。一般来说，残疾证是您的个人证件，其所有权和使用权应归您本人所有。但如果您同意将残疾证留在公司以用于相关政策申报（如税收优惠等），且公司能够妥善保管并确保不用于非法用途，那么这也是可以协商的。
二、公司使用残疾证减税是否违法
公司使用残疾证减税是否违法，关键在于公司是否真实、合法地安置了残疾人就业，并符合相关税收优惠政策的规定。
真实就业：根据《中华人民共和国残疾人保障法》和《残疾人就业保障金征收使用管理办法》等相关规定，企业安排残疾人就业的比例不得低于本单位在职职工总数的1.5%。如果公司确实安置了残疾人就业，并与其签订了劳动合同或服务协议，为其缴纳了社会保险，支付了不低于最低工资标准的工资，那么公司使用残疾证申请税收优惠是合法的。
虚假挂靠：然而，如果公司只是“租用”或“挂靠”残疾证，而没有实际安置残疾人就业，或者安置的残疾人并未在公司实际工作，那么这种行为就是违法的。这种行为不仅违反了税收法律法规，也侵犯了残疾人的合法权益，挤压了残疾人真实、正常的就业机会和空间。
法律后果：对于“租用”残疾证逃避税费的企业，税务机关将依法进行税务稽查和处罚，包括追缴税款、加收滞纳金、处以罚款等。同时，这种行为还可能涉及刑事犯罪，如逃税罪等，将受到法律的严厉制裁。
三、建议
与公司沟通：如果您对内退后残疾证的使用和保管有疑问，或者担心公司可能滥用您的残疾证进行非法减税，建议您与公司进行沟通，明确双方的权利和义务。
了解政策：您可以进一步了解国家和地方关于残疾人就业和税收优惠的相关政策法规，以便更好地维护自己的合法权益。
举报违法行为：如果您发现公司存在“租用”残疾证等违法行为，可以向当地税务机关、残联或相关部门进行举报，共同维护社会公平正义和残疾人的合法权益。
综上所述，内退后残疾证的使用和保管应遵循协议约定或公司规定，并确保不用于非法用途。公司使用残疾证减税必须真实、合法地安置残疾人就业，并符合相关税收优惠政策的规定。否则，将面临法律的严厉制裁。