结论：同一个工程两个不同的工序分别签订施工合同，结算时仅承认后一份合同是否合理，这并非一个简单的“合理”或“不合理”的问题，而是需要根据具体情况，包括合同的具体内容、签订顺序、实际履行情况以及相关法律法规的规定来综合判断。

分析角度一：合同内容与签订顺序

1. 合同独立性：如果两份合同各自独立，且内容明确区分了不同的工序、工作范围、价款及支付方式等，那么后一份合同并不必然否定前一份合同的效力。每份合同都应当根据其自身的条款和条件进行履行和结算。

2. 合同关联性：如果后一份合同在签订时明确表示了对前一份合同的修改或替代，或者两份合同之间存在明显的关联性和依赖性，那么结算时可能需要根据后一份合同的约定来执行。但这并不意味着前一份合同完全无效，而是可能在其被修改或替代的范围内失去效力。

分析角度二：实际履行情况

1. 实际施工情况：如果两份合同所涉及的工序在实际施工中是分开进行的，且各自有独立的施工记录和验收资料，那么结算时应当分别根据两份合同的约定进行。

2. 交叉施工情况：如果两份合同所涉及的工序在实际施工中存在交叉或重叠，那么结算时可能需要考虑如何合理划分和计算各自的工程量及价款。这种情况下，仅承认后一份合同可能并不合理，因为前一份合同所涉及的工序可能已经部分或全部完成。

分析角度三：相关法律法规的规定

1. 合同法的规定：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。因此，除非存在法定或约定的解除、变更情形，否则结算时不能仅凭一方意愿就否定前一份合同的效力。

2. 建设工程合同的规定：对于建设工程合同，法律还规定了更为详细的规则，如工程价款的确定、支付、结算等。如果两份合同都符合法律的规定，且没有违反强制性规定或公序良俗，那么结算时应当根据两份合同的约定进行。

建议：

1. 审查合同条款：首先，应当仔细审查两份合同的条款，特别是关于工序、工作范围、价款及支付方式等方面的约定，以确定它们之间的独立性和关联性。

2. 收集施工资料：其次，应当收集与两份合同相关的施工资料，如施工记录、验收资料等，以证明实际施工情况与合同约定的符合程度。

3. 协商或诉讼解决：如果双方在结算问题上存在争议，可以尝试通过协商的方式解决。如果协商不成，可以考虑通过诉讼或仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。

在处理此类问题时，务必保持谨慎和细致，以确保自己的权益得到充分保障。如果你有任何进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。