结论：建设工程施工合同中约定每逾期一天以合同总价为基础按万分之五处罚，这样的约定在法律上是有效的，但具体效力及是否调整需视情况而定。

详细分析：

1. 合同约定优先原则：

   • 在建设工程合同中，双方有权就违约金的数额或计算方法进行明确约定。这种约定一旦写入合同，即具有法律效力，双方应严格遵守。因此，若合同中明确规定了每逾期一天需支付合同总金额万分之五的违约金，这一条款在合同有效期内是有效的。

2. 违约金数额的合理性审查：

   • 尽管合同约定优先，但法律也规定了违约金的调整机制。如果约定的违约金过分高于或低于实际损失，法院或仲裁机构有权根据当事人的请求进行适当调整。
   • 过高调整：根据《民法典》的相关规定，若违约金超过造成损失的百分之三十，可能被认定为“过分高于造成的损失”。在此情况下，违约方可以请求法院或仲裁机构减少违约金数额。调整时应综合考虑实际损失、合同履行情况、当事人过错程度及预期利益等因素。
   • 过低调整：同样，如果约定的违约金低于实际损失，守约方也有权请求法院或仲裁机构增加违约金数额，以确保其实际损失得到充分补偿。

3. 具体案例中的考量因素：

   • 在实际应用中，法院或仲裁机构会综合考虑多种因素来判断违约金的合理性。例如，逾期完工对工程整体进度的影响、守约方因此遭受的直接和间接损失、违约方的过错程度等。
   • 如果合同总价较高，而逾期天数较多，按照万分之五的比例计算的违约金可能会相当可观。此时，如果违约方认为违约金过高，可以提出调整请求，并提供相关证据支持其主张。

4. 法律建议：

   • 明确约定：在签订建设工程合同时，双方应就违约金的数额或计算方法进行充分协商，并明确写入合同条款中。这有助于减少后续纠纷和风险。
   • 合理约定：违约金的约定应合理、公平，既要考虑守约方的利益保护，也要避免对违约方造成过重的负担。
   • 及时沟通：在合同履行过程中，如果发生逾期等违约情况，双方应及时沟通并协商解决方案。如果无法达成一致，可以寻求法律途径解决争议。

示例说明： 假设一份建设工程合同的合同总价为1000万元，合同中约定每逾期一天需支付合同总金额万分之五的违约金。如果工程逾期了30天，那么按照约定计算的违约金为：1000万元 * 0.0005 * 30天 = 15万元。如果违约方认为这一数额过高，可以提出调整请求，并提供相关证据支持其主张。法院或仲裁机构将根据实际情况进行审查并作出裁决。

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