在建设工程中，约定每迟延一天扣罚5000元，这样的条款通常属于违约金条款。以下是对此问题的详细分析：
违约金条款的定义与性质
违约金条款是合同双方当事人在合同中约定的，当一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定时，应当向对方支付的金钱或其他财产。在建设工程合同中，违约金条款通常用于约束承包方按时完成工程，确保工程进度和质量。您所描述的“每迟延一天扣罚5000元”正是典型的违约金条款，它针对的是承包方迟延履行合同义务（即未按时完成工程）的情况。
违约金条款的合法性与合理性
合法性：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。因此，在建设工程合同中约定违约金条款是合法的。
合理性：违约金条款的合理性主要取决于其数额是否合理。如果违约金数额过高或过低，都可能引发争议。在实践中，法院或仲裁机构会根据实际情况对违约金数额进行调整，以确保其既不过高也不过低，从而维护合同的公平性和诚实信用原则。对于您提到的“每迟延一天扣罚5000元”，这一数额是否合理，需要结合具体工程规模、合同总价款、迟延可能造成的损失等因素进行综合判断。
违约金条款的适用与调整
适用：当承包方迟延履行合同义务时，发包方有权依据违约金条款要求承包方支付违约金。这是违约金条款的基本适用方式。
调整：如果承包方认为违约金数额过高，可以向法院或仲裁机构提出调整申请。法院或仲裁机构会根据实际情况，如迟延天数、实际损失、合同履行情况等因素，对违约金数额进行适当调整。同样，如果发包方认为违约金数额过低，也可以提出调整申请。
实际建议
明确条款内容：在签订建设工程合同时，双方应明确违约金条款的具体内容，包括违约金的数额、计算方式、支付时间等，以避免后续争议。
合理设定数额：违约金数额的设定应合理，既要能够起到约束作用，又要避免过高或过低导致的不公平情况。
及时沟通协商：在合同履行过程中，如果发生迟延等违约情况，双方应及时沟通协商，寻求解决方案，以避免损失扩大和争议升级。
如果您在建设工程合同中遇到了违约金条款相关的问题或争议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。