结论：煤矿工人“三违”后停工学习期间不得以任何理由休假这一规定是否合法，需结合具体情况判断，若该规定是煤矿企业基于安全生产管理需要，在符合法律法规的前提下制定的合理内部规章制度，则可能是合法的；若该规定违反了法律法规的强制性规定，侵犯了劳动者的合法权益，则是不合法的。
分析说明：
企业规章制度的合法性基础：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。”
- 这意味着，煤矿企业有权制定内部规章制度，但这些规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定并公示或告知劳动者。
“三违”停工学习期间的性质：
- “三违”通常指的是违章指挥、违章作业、违反劳动纪律。煤矿企业对于“三违”行为进行停工学习处理，是为了加强安全生产管理，提高员工的安全意识。
- 停工学习期间，劳动者虽然未直接从事生产劳动，但仍在接受企业的管理和教育，因此这段时间仍属于劳动关系存续期间。
不得休假的规定是否合法：
- 合法情况：如果煤矿企业制定的停工学习期间不得休假的规定，是基于安全生产管理的需要，且该规定不违反法律法规的强制性规定，不侵犯劳动者的合法权益（如休息权、休假权等），同时该规定已经过民主程序制定并公示或告知劳动者，那么这样的规定可能是合法的。
- 不合法情况：如果该规定违反了法律法规的强制性规定（如剥夺了劳动者依法享有的休息休假权利），或者未经民主程序制定、未公示或告知劳动者，那么这样的规定是不合法的。劳动者有权依法维护自己的合法权益，包括向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等。
行动建议：
- 对于煤矿企业：应确保内部规章制度的合法性和合理性，遵守法律法规的强制性规定，尊重和保护劳动者的合法权益。在制定和执行规章制度时，应充分听取劳动者的意见和建议，确保规章制度的民主性和公正性。
- 对于劳动者：如果认为企业的规章制度侵犯了自己的合法权益，可以与企业进行协商沟通；如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，依法维护自己的权益。
后续思考依据：
- 在判断企业规章制度是否合法时，除了考虑其是否违反法律法规的强制性规定外，还应考虑其是否合理、是否侵犯了劳动者的合法权益等因素。
- 劳动者在维护自己的合法权益时，应了解并熟悉相关的法律法规和政策规定，以便更好地运用法律武器保护自己。
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