结论：在资格审查错误但政府采购合同已在履行的情况下，处理方式需根据具体情况而定，主要包括与采购人协商、提出质疑或投诉、寻求法律救济以及考虑合同继续履行的可能性与风险。

详细分析：

1. 与采购人协商：

   • 背景：资格审查错误可能涉及供应商资格条件的不符合或审查程序的瑕疵。在合同已在履行的情况下，首先可以尝试与采购人进行友好协商，说明情况，看是否能够达成一致意见，如调整合同条款、补充资格证明文件等，以继续履行合同。
   • 建议：在协商过程中，应保留好相关证据，如资格审查文件、合同文本、沟通记录等，以备后续可能出现的争议。

2. 提出质疑或投诉：

   • 背景：根据《中华人民共和国政府采购法》及相关规定，供应商对政府采购活动有疑问或认为存在违法违规行为的，可以向采购人提出质疑，对质疑答复不满意的，还可以向政府采购监督管理部门投诉。
   • 建议：在提出质疑或投诉时，应明确指出资格审查错误的具体情况，提供相关证据，并要求采购人或监督管理部门进行调查处理。同时，应注意质疑或投诉的时效性，避免错过法定时限。

3. 寻求法律救济：

   • 背景：如果协商、质疑或投诉均无法解决问题，供应商可以考虑通过法律途径维护自身权益。这可能包括提起行政诉讼或民事诉讼，要求确认合同效力、撤销错误资格审查决定或寻求赔偿等。
   • 建议：在寻求法律救济前，应充分评估案件的胜诉可能性及成本效益，选择合适的诉讼策略。同时，应准备好相关证据材料，并咨询专业律师的意见。

4. 考虑合同继续履行的可能性与风险：

   • 背景：在资格审查错误但合同已在履行的情况下，供应商还需考虑合同继续履行的可能性与风险。如果资格审查错误不影响合同的实质性履行，且继续履行合同对双方均有利，那么可以考虑继续履行合同。
   • 建议：在继续履行合同前，应与采购人明确资格审查错误的处理方式，并签订补充协议以明确双方的权利义务。同时，应密切关注合同履行过程中的风险变化，及时采取应对措施。

特殊情况说明：

• 如果资格审查错误导致供应商不具备签订或履行合同的资格，那么合同可能面临被撤销或无效的风险。在这种情况下，供应商应立即停止履行合同，并与采购人协商解决方案，以避免更大的法律风险和经济损失。

后续行动建议：

• 在处理此类问题时，供应商应保持冷静和理性，避免采取过激行为。同时，应积极与采购人沟通协商，寻求妥善解决方案。如果无法协商解决，应及时寻求法律救济，以维护自身合法权益。

如有任何进一步疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。