针对您提出的“合同已经履行政府采购怎么办”这一问题，我们需要从几个方面来详细分析和解答。

首先，我们要明确的是，在政府采购项目中，合同的签订和履行是有着严格法律程序的。根据相关规定，中标通知书发出后，采购人应当先按照采购文件确定的事项与中标人签订政府采购合同，这是履行合同的前提条件。只有在合同签订之后，双方才能根据合同的约定依法履行合同义务。

对于您提到的“合同已经履行”的情况，我们需要具体分析。如果是在合同签订之前，供应商就已经向采购人提供了部分货物，并且这些货物已经通过了采购人的验收，这并不能直接被认定为是“政府采购合同已经履行”。因为按照法律规定，签订政府采购合同是履行合同的前提，没有签订合同，就不能视为合同已经履行。

那么，如果合同已经实际履行，但并未按照政府采购程序进行，比如未编制政府采购实施计划或未报本级人民政府财政部门备案，这种情况下应该如何处理呢？

根据《政府采购法实施条例》的相关规定，采购人应当根据集中采购目录、采购限额标准和已批复的部门预算编制政府采购实施计划，并报本级人民政府财政部门备案。如果未履行这一程序，财政部门有权责令限期改正，给予警告，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分，并予以通报。

因此，对于已经实际履行的合同，但未按照政府采购程序进行的情况，采购人应当尽快与财政部门沟通，说明情况，并按照要求进行整改。这可能包括补编政府采购实施计划、报财政部门备案等步骤。同时，采购人也需要对内部管理流程进行审查和改进，以避免类似情况再次发生。

总的来说，政府采购合同的签订和履行必须严格遵守相关法律法规和程序要求。对于已经实际履行的合同但未按照程序进行的情况，采购人应当积极采取措施进行整改，并加强内部管理以确保合规性。