针对“未履行政府采购程序合同怎么处理”的问题，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

首先，我们需要明确的是，政府采购程序是确保公共资金合理、透明、高效使用的重要环节，任何单位或个人在涉及政府采购时，都必须严格遵守相关法律法规和程序。如果未履行政府采购程序就签订了合同，那么这将构成违法行为，需要承担相应的法律责任。

一、处理原则

对于未履行政府采购程序已签订的合同，处理原则主要包括以下几点：

1. 责令改正：财政部门或相关监管部门会责令采购人限期改正，即要求采购人按照规定的政府采购程序重新进行采购。

2. 警告与处分：对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，财政部门或相关监管部门会给予警告，并依法给予处分。

3. 罚款与不良记录：根据违法情节的严重程度，财政部门或相关监管部门还可能对采购人处以罚款，并将其列入不良行为记录名单。

4. 合同效力问题：虽然合同已经签订并可能部分或全部履行，但由于未履行政府采购程序，合同的效力可能会受到质疑。在某些情况下，合同可能被视为无效，采购人可能需要承担因此产生的法律后果。

二、具体处理流程

1. 自查与整改：采购人应首先进行自查，确认是否存在未履行政府采购程序的情况。如果确实存在，应立即停止相关采购活动，并按照规定的政府采购程序进行重新采购。

2. 报告与备案：采购人应向本级人民政府财政部门报告未履行政府采购程序的情况，并提交整改方案。同时，采购人还需要根据集中采购目录、采购限额标准和已批复的部门预算编制政府采购实施计划，并报本级人民政府财政部门备案。

3. 接受处罚：如果财政部门或相关监管部门对采购人的违法行为进行了查处，采购人应积极配合调查，接受相应的处罚。

4. 完善内控制度：采购人应进一步完善内部控制制度，加强采购管理，确保今后不再发生类似违法行为。

三、法律依据

对于未履行政府采购程序的处理，主要依据以下法律法规：

1. 《中华人民共和国政府采购法》第七十一条规定：“采购人、采购代理机构有下列情形之一的，责令限期改正，给予警告，可以并处罚款……（三）未按照规定执行政府采购政策……”。

2. 《政府采购法实施条例》第六十八条也规定了类似的法律责任。

综上所述，对于未履行政府采购程序已签订的合同，采购人应严格按照法律法规和程序进行处理，包括自查整改、报告备案、接受处罚以及完善内控制度等。同时，采购人也应加强对政府采购法律法规的学习和宣传，提高采购活动的规范性和透明度。