双方私下签订的土地转让协议是否有效，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、协议有效的情形
土地承包经营权流转：
- 如果转让的是土地承包经营权，且符合《农村土地承包法》的相关规定，如承包方有权自主决定流转土地经营权，并向发包方备案，流转协议是双方真实意思表示，不违反法律法规的强制性规定，不损害集体和他人合法权益，那么这样的私下协议是有效的。
- 示例：村民A将承包的耕地转包给同村村民B，双方签订了书面协议，约定了期限、费用等，并向村委会备案，此协议有效。
宅基地在本集体经济组织成员间转让：
- 如果转让的是宅基地使用权，且转让人和受让人均为本集体经济组织成员，受让人符合宅基地申请条件，并经过了本集体经济组织同意，那么这样的私下协议也是有效的。
- 示例：村民C将闲置的宅基地转让给本集体经济组织内符合条件的村民D，且经村集体同意，签订的转让协议有效。
二、协议无效的情形
擅自改变土地用途：
- 如果将农用地用于非农业建设，如建造工厂、房屋等，且未经过合法审批手续，那么这样的土地转让协议是无效的。
- 示例：村民E将农田转让用于建造小产权房，违反了土地用途管制制度，协议无效。
转让给非本集体经济组织成员：
- 宅基地使用权是本集体经济组织成员享有的权利，与特定身份关系相联系。将宅基地转让给非本集体经济组织成员，如城镇居民，协议通常无效。
- 示例：城市居民F购买农村村民G的宅基地建房居住，此协议因违反法律规定而无效。
违背承包方意愿强迫流转：
- 土地承包经营权流转应遵循平等协商、自愿、有偿的原则。采用欺诈、胁迫等手段迫使另一方签订土地转让协议的，该协议可撤销，撤销后自始无效。
- 示例：村干部强迫村民H将土地转让给他人，村民H在无奈之下签订的协议，村民H有权请求撤销。
转让土地所有权：
- 农村土地属于集体所有，不能随意转让所有权。任何试图转让土地所有权的协议都是无效的。
三、法律建议
明确土地性质：
- 在签订土地转让协议前，务必明确土地性质（是承包经营权还是宅基地使用权），并了解相关法律法规对土地流转的具体规定。
遵循法定程序：
- 土地转让必须依法进行，包括签订书面合同、明确双方权利和义务、办理土地变更登记手续等。未经国家土地管理部门批准或未遵循法定程序的私下转让是违法的，合同无效。
确保合同内容合法：
- 合同内容必须真实、合法，不得违反法律法规的强制性规定。合同双方应自愿、平等地达成协议，意思表示必须真实。存在欺诈、胁迫等情形的合同可能被认定为无效。
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总结来说，双方私下签订的土地转让协议是否有效，取决于土地性质、转让条件、程序合法性以及合同内容等多个方面。只有满足所有法定要求，合同才具有法律效力。因此，在进行土地转让时，务必谨慎行事并确保交易的合法性和安全性。