关于土地转让双方达成协议是否有效的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要综合考虑多个法律因素和具体情境。以下是我为您提供的详细分析：
一、协议有效的核心条件
主体适格性：
- 转让方必须是合法的土地使用权人，这通常意味着他们已经通过出让、划拨或其他合法方式获得了土地使用权。
- 受让方也需要具备相应的资质，例如，如果是房地产开发项目，受让方可能需要具备房地产开发企业的资质。
程序合规性：
- 土地转让必须遵循法定的审批和登记程序。例如，国有土地出让通常需要通过招拍挂程序，而集体经营性建设用地入市则需要村民会议决议和政府批准。
- 关键节点在于，即使协议双方已经签字，但如果未办理变更登记，虽然不影响合同本身的效力，但物权不会发生转移。
内容合法性：
- 协议内容必须合法，不得违反土地用途管制、耕地保护等强制性规定。例如，工业用地不能擅自变更为住宅用地。
- 特别是涉及宅基地转让时，必须符合“同一集体经济组织内部成员”及“受让人无宅基地”等条件。
二、常见无效情形
违反强制性规定：
- 如果转让的土地是基本农田，且用于非农建设，这样的协议是自始无效的，并且可能承担行政责任。
恶意串通：
- 如果转让方和受让方恶意串通，例如与村集体虚构交易以套取征地补偿款，这样的协议不仅无效，还可能涉嫌犯罪。
以合法形式掩盖非法目的：
- 如果协议看似合法，但实际上是为了掩盖非法目的，如借转让之名行非法集资之实，这样的合同也是无效的，且相关资金可能会被追缴。
三、特殊土地类型的转让规则
农村集体土地：
- 农村集体土地中的经营性建设用地可以入市，但需要完成土地确权、规划许可和公开交易程序。
- 宅基地转让则受到更严格的限制，必须满足“户有所居”原则，且受让人须为本集体经济组织成员且无住房。
划拨土地：
- 划拨土地在转让前需要经过政府批准，并补缴土地出让金。
- 国有企业改制中的划拨地处置可能按照特别政策执行。
小产权房：
- 建在集体土地上的房屋（即小产权房）禁止向非本集体成员转让，相关协议不受法律保护。
四、建议与争议解决路径
建议：
- 在签订土地转让协议前，建议咨询专业律师进行法律风险评估和合规性审查，以避免潜在的法律风险和经济损失。
争议解决路径：
- 如果对协议的效力有争议，可以向不动产所在地法院起诉，请求确认协议效力。注意时效问题，通常是在知道或应当知道权利受损之日起3年内主张。
- 如果对政府不予批准转让的决定有异议，可以申请行政复议或行政诉讼。
- 在协议无效的情况下，根据过错比例返还财产、赔偿损失（包括机会成本损失）。如果善意第三人已办理登记，他们可以主张物权保护。
综上所述，土地转让双方达成协议是否有效，取决于多个因素，包括主体适格性、程序合规性、内容合法性以及特殊土地类型的转让规则等。因此，在签订土地转让协议前，务必进行充分的法律研究和风险评估。