关于双方私下签订的宅基地房屋转让协议是否有效的问题，这需要根据具体情况和相关法律法规来进行详细分析。

首先，我们要明确的是，宅基地属于农民集体所有，村民仅享有使用权，而不拥有所有权。我国法律对宅基地的买卖有明确的禁止性规定，因为宅基地具有福利性质和社会保障功能，旨在保障农村居民的基本居住需求。

一、协议无效的常见情形

1. 非同一集体经济组织成员之间的转让：

   • 如果转让双方不属于同一集体经济组织，那么此类买卖协议通常是无效的。因为宅基地是供本集体经济组织成员使用的，转让给外人将破坏集体所有制属性和分配原则。

2. 城镇居民与农村居民之间的转让：

   • 城镇居民不具有农村集体经济组织成员身份，因此他们与农村居民之间的宅基地买卖协议也是无效的。

3. 转让人条件不符或受让人已有宅基地：

   • 如果转让人拥有多处住房或不具备分配宅基地的条件，却仍然进行转让，或者受让人已经拥有宅基地，不符合“一户一宅”的原则，那么此类转让协议也可能被认定为无效。

二、协议可能有效的情形

在极少数情况下，如果转让双方属于同一集体经济组织成员，且转让行为符合以下条件，并经过集体经济组织的同意，那么此类转让协议可能是有效的：

1. 转让人必须拥有二处以上的农村住房（含宅基地）。
2. 受让人必须没有住房和宅基地，且符合宅基地使用权分配条件。
3. 转让行为必须征得集体组织的同意。
4. 宅基地使用权不得单独转让，必须与房屋一并转让。

三、协议无效后的处理

一旦私下买卖宅基地的协议被认定为无效，因该协议取得的财产应当予以返还；不能返还或没有必要返还的，应折价补偿。有过错的一方需赔偿对方因此遭受的损失；若双方都有过错，则各自承担相应责任。

四、建议

在进行任何涉及宅基地的交易前，我强烈建议您咨询专业律师或法律机构，以确保行为的合法性和有效性。因为宅基地的转让涉及复杂的法律法规和集体利益，私下交易往往存在很大的法律风险。

综上所述，双方私下签订的宅基地房屋转让协议在大多数情况下是无效的。为了保障您的合法权益，请务必在交易前进行充分的法律咨询和了解。