结论前置：公司使用员工毕业证、学位证扫描件是否违法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若公司未经员工同意擅自使用或留存扫描件：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。虽然该条款未直接提及毕业证、学位证，但毕业证、学位证作为员工的重要证件，其性质与居民身份证类似，均属于员工个人隐私和权益的范畴。公司未经员工同意擅自留存或使用，可能侵犯员工的隐私权和个人信息保护权。
   • 法律后果：员工有权要求公司停止侵害、返还证件扫描件，并可能依据《中华人民共和国民法典》中关于隐私权和个人信息保护的规定，要求公司承担侵权责任，如赔偿损失等。

2. 若公司经员工同意后使用扫描件：

   • 法律背景：在员工明确同意的情况下，公司使用毕业证、学位证扫描件用于合法目的（如办理入职手续、存档等），通常不构成违法。但公司需确保扫描件的使用范围、目的等符合双方约定，且不得泄露给第三方或用于非法目的。
   • 法律建议：为避免潜在纠纷，公司应与员工签订书面协议，明确扫描件的使用范围、期限、保密义务等条款。同时，公司应建立健全的信息安全管理制度，确保员工证件扫描件的安全存储和合法使用。

3. 若公司使用扫描件用于非法目的：

   • 法律后果：无论公司是否经员工同意，若将毕业证、学位证扫描件用于非法目的（如伪造证件、诈骗等），均构成违法，甚至可能构成犯罪。此时，公司不仅需承担民事责任，还可能面临刑事处罚。
   • 法律建议：员工一旦发现公司将其证件扫描件用于非法目的，应立即向公安机关报案，并保留相关证据以便维权。

进一步思考：

• 员工权益保护：员工应增强自我保护意识，谨慎提供个人证件扫描件。在提供前，应了解公司的使用目的、范围等，并签订书面协议以保障自身权益。
• 公司合规管理：公司应建立健全的合规管理制度，确保在招聘、入职等环节中合法、合规地处理员工证件扫描件。同时，公司应加强对员工的信息安全教育，提高员工对个人信息保护的意识。

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