公司拿员工的毕业证是违法的，这种行为确实侵犯了员工的合法权益。以下是从多个角度对这一问题的详细分析：
一、毕业证的法律性质
- 个人财产权：毕业证是员工通过学习和考试获得的，证明其学历和能力的官方文件，具有极高的个人价值，属于员工的个人财产。公司无权擅自扣押或使用。
- 隐私权：毕业证上包含员工的个人信息，如姓名、照片、学历等，这些信息受到隐私权的保护。公司未经员工同意，不得擅自获取、使用或泄露这些信息。
二、公司的违法行为分析
无权扣押：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定，用人单位招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。虽然该条款未直接提及毕业证，但毕业证作为员工的重要证件之一，同样应受到保护。
- 公司无权以任何理由扣押员工的毕业证，包括作为入职条件、管理手段或担保等。
可能涉及的违法后果：
- 行政处罚：如果公司的行为被认定为违法，劳动行政部门可能会对公司进行罚款等行政处罚。
- 民事赔偿：员工有权要求公司返还毕业证，并可能因公司行为造成的损失（如无法及时办理其他事务、影响就业等）要求赔偿。
- 刑事责任：在极端情况下，如果公司的行为构成犯罪（如伪造、变造国家机关公文、证件罪，或者非法获取公民个人信息罪等），相关责任人员可能需要承担刑事责任。
三、员工的应对措施
- 与公司协商：首先尝试与公司沟通，明确表达毕业证属于个人财产，要求公司立即归还。
- 向劳动部门投诉：如果协商无果，可以向当地劳动行政部门投诉公司的违法行为，请求劳动行政部门介入调查并处理。
- 法律途径：必要时，员工可以通过法律途径维护自己的权益，如提起劳动仲裁或诉讼，要求公司返还毕业证并赔偿损失。
四、特殊情况说明
- 如果公司因工作需要，要求员工提供毕业证的复印件或相关信息进行备案，这并不构成违法。但公司必须确保这些信息的安全，不得擅自泄露或用于其他目的。
- 如果员工自愿将毕业证交给公司保管或使用（如为了办理某些特定事务），这属于双方之间的自愿行为，不构成违法。但员工应明确了解公司的使用目的和范围，并在必要时要求公司出具书面说明或协议。
总结与建议：公司拿员工的毕业证是违法的，员工应坚决维护自己的合法权益。如果遇到这种情况，建议首先与公司协商解决；如果协商无果，可以向劳动部门投诉或通过法律途径维护自己的权益。同时，员工也应提高警惕，保护好自己的个人信息和证件安全。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。