结论：员工基本工资扣除6%作为所得税是否合法，需根据具体情况判断，但一般情况下，直接按基本工资的固定比例（如6%）扣除所得税的做法是不合法的。
分析说明：
个人所得税的计算方式：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人所得税的计算是基于个人的综合所得（包括工资、薪金所得等）进行的，而非仅仅基于基本工资。
- 个人所得税的计算采用累进税率制度，即收入越高，税率也相应提高。因此，不能简单地按基本工资的固定比例来扣除所得税。
合法扣除的条件：
- 雇主在扣除个人所得税时，必须遵循国家税收法律法规的规定，按照税务机关核定的税率和计税方法进行计算和扣除。
- 雇主应确保扣除的税额准确无误，并及时向税务机关申报和缴纳。
可能存在的违法行为：
- 如果雇主未经税务机关核定，擅自按基本工资的固定比例（如6%）扣除所得税，这种做法可能违反了国家税收法律法规的规定。
- 雇主还可能存在未足额缴纳个人所得税、未及时申报或缴纳税款等违法行为，这些都将面临税务机关的处罚。
员工权益保护：
- 员工有权要求雇主按照国家税收法律法规的规定扣除个人所得税，并有权查询和了解自己的纳税情况。
- 如果员工发现雇主存在违法扣除个人所得税的行为，可以向税务机关举报或寻求法律援助。
建议与行动：
- 对于员工：如果你发现自己的基本工资被按固定比例（如6%）扣除了所得税，且怀疑这种做法不合法，建议你先向雇主了解清楚扣除的依据和计算方法。如果雇主无法提供合理的解释或证明，你可以向当地税务机关咨询或举报。
- 对于雇主：作为雇主，你必须严格遵守国家税收法律法规的规定，按照税务机关核定的税率和计税方法进行个人所得税的计算和扣除。切勿擅自按基本工资的固定比例扣除所得税，以免面临法律风险和处罚。
法律后果：
- 如果雇主违法扣除个人所得税，将可能面临税务机关的处罚，包括罚款、滞纳金等。
- 在严重情况下，雇主还可能因涉嫌逃税等违法行为而承担刑事责任。
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