结论前置：在仲裁判决书上仲裁员核算的加班费远大于您申请的金额的情况下，如果您选择起诉，法院并不会直接按照仲裁员核算的金额来判决，而是会重新进行审理和核算。

详细分析：

1. 仲裁与诉讼的区别：

   • 仲裁是一种非诉讼的纠纷解决方式，其裁决结果对双方当事人具有一定的约束力，但并非终局性的。如果一方对仲裁结果不满意，仍然可以向法院提起诉讼。
   • 诉讼则是通过法院这一国家司法机关来解决纠纷的方式，其判决结果具有终局性，对双方当事人均具有法律约束力。

2. 法院对加班费的核算：

   • 当您对仲裁裁决中的加班费金额不满意并选择起诉时，法院会重新对加班费进行核算。法院会依据相关法律法规，如《劳动法》、《劳动合同法》等，以及您提供的证据材料，如工资单、考勤记录等，来重新确定加班费的金额。
   • 法院在核算加班费时，会考虑加班的时间、加班的工资标准、是否已经支付了部分加班费等因素，以确保加班费的计算既合法又合理。

3. 可能的结果：

   • 如果法院核算的加班费金额与仲裁员核算的金额相近或相同，那么法院可能会维持仲裁裁决中的加班费金额。
   • 如果法院核算的加班费金额与仲裁员核算的金额存在较大差异，那么法院会根据其核算结果来判决加班费的金额。这可能意味着您最终获得的加班费金额会高于或低于仲裁裁决中的金额。

4. 建议：

   • 在起诉前，建议您仔细审查仲裁裁决书，了解仲裁员核算加班费的依据和计算方法。
   • 收集并整理好相关证据材料，如工资单、考勤记录、加班通知等，以支持您的诉讼请求。
   • 考虑咨询专业律师（比如我，汪婷婷律师，专注于劳动纠纷领域）的意见，以更好地了解您的法律权益和诉讼风险。

总结：如果您对仲裁裁决中的加班费金额不满意并选择起诉，法院会重新对加班费进行核算，并根据核算结果来判决加班费的金额。因此，您不必过于担心仲裁员核算的金额过大或过小的问题，而是应该积极准备诉讼材料，维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。