当公司发现工资发多了而员工不主动退还时，这是一个涉及法律与道德层面的问题，公司需要采取一系列合理且合法的措施来妥善处理。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议：
一、初步处理：友好沟通协商
内部沟通：
- 财务部门或人力资源部门应第一时间与员工取得联系，以友好、平和的态度明确告知其工资多发的事实。
- 提供详细的工资计算明细、转账记录等作为证明，确保员工了解多发工资的具体情况。
- 从道德和法律层面说明需要退还的理由，强调这是公司的财产，员工没有合法依据获得。
给予合理期限：
- 在沟通过程中，为员工设定一个合理的退还期限，如一周至一个月不等，以便员工安排资金退还。
- 同时，向员工说明按时退还的重要性，以及不退还可能产生的法律后果。
二、进一步措施：发送正式书面通知
发送正式函件：
- 若沟通协商后员工仍未退还多发工资，公司应向员工发出正式的书面通知。
- 通知应采用正式函件形式，通过邮政快递（如EMS）或其他可查询投递记录的方式送达，确保员工收到。
- 函件内容应包含多发工资的具体情况、要求退还的金额、退还期限以及逾期不退还将采取的措施等。
保留相关凭证：
- 公司应妥善保存与书面通知相关的所有凭证，如快递单号、投递记录、函件副本等。
- 这些凭证在后续可能出现的法律纠纷中将成为重要证据。
三、法律途径与争议解决
劳动争议调解：
- 若员工仍拒绝退还，公司可向劳动争议调解组织申请调解，如企业劳动争议调解委员会或依法设立的基层人民调解组织。
- 调解组织将协助双方进行沟通协商，寻求中立解决方案。
劳动仲裁：
- 若调解无果，公司可向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 仲裁委员会将根据双方提供的证据进行审理，并作出裁决。
从后续工资中扣除（需符合规定）：
- 若劳动合同或公司规章制度中有明确约定，并在员工同意或经过合法程序的情况下，公司可以从员工后续工资中扣除多发的部分。
- 但应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准，且每次扣除的比例一般不超过员工当月工资的20%。
民事诉讼：
- 若上述途径均无法解决问题，公司可向有管辖权的法院提起民事诉讼，要求员工返还多发的工资。
- 诉讼过程中，公司应准备充分的证据，如工资发放记录、与员工的沟通记录、书面通知等，以证明工资多发的事实及已采取的追讨措施。
寻求劳动保障行政部门的帮助：
- 公司还可向劳动保障行政部门举报或投诉，根据《劳动保障监察条例》的规定，任何组织或个人对违反劳动保障法律、法规或规章的行为都有权举报。
- 劳动保障行政部门将依法进行调查处理，并促使员工退还多发工资。
四、预防措施与总结
- 加强财务管理和内部审计：为避免类似情况的发生，公司应加强财务管理和内部审计，确保工资发放的准确性和合规性。
- 提高员工法律意识：定期对员工进行法律法规培训，提高员工的法律意识，使其了解不当得利的法律责任和后果。
- 保持冷静和理性：在处理此类问题时，公司应保持冷静和理性，优先尝试通过沟通和协商解决。
- 及时采取法律手段：如无法达成一致，应及时采取法律手段维护自身权益。
综上所述，面对工资多发员工不退还的情况，公司应综合运用沟通协商、法律途径以及预防措施来解决问题，确保双方的权益得到妥善处理。