结论：公司让员工在外地开店并办理员工的个体工商户，这一行为是否违法，不能一概而论，需结合具体情况分析。
分析角度一：劳动关系与个体工商户的独立性
若员工仍与公司保持劳动关系：
- 根据《劳动合同法》及相关规定，员工与公司之间存在劳动关系时，公司应承担相应的劳动保护、社会保险等义务。
- 如果公司要求员工办理个体工商户，但员工实际上仍受公司管理、指挥，从事公司安排的工作，且经济上依赖于公司，那么这种个体工商户的设立可能只是形式上的，员工与公司之间的劳动关系并未真正改变。
- 在这种情况下，公司可能试图通过让员工办理个体工商户来规避劳动法上的义务，如缴纳社会保险、承担工伤责任等，这种行为可能构成违法。
若员工与公司解除劳动关系，独立经营个体工商户：
- 如果员工与公司解除了劳动关系，并自愿、独立地经营个体工商户，那么这种行为是合法的。
- 在这种情况下，员工与公司之间不再存在劳动关系，员工作为个体工商户的经营者，应自行承担相应的法律责任和义务。
分析角度二：公司行为的合法性与合规性
公司是否强迫员工办理个体工商户：
- 如果公司强迫员工办理个体工商户，并以此作为继续雇佣的条件或威胁解雇，那么这种行为可能构成违法，侵犯了员工的劳动权益。
公司是否提供必要的支持和指导：
- 如果公司要求员工办理个体工商户，但并未提供必要的支持和指导，如协助办理相关手续、提供经营指导等，那么员工可能因缺乏经验和资源而面临经营困难，这种情况下公司的行为也可能受到质疑。
公司是否遵守相关法律法规：
- 公司在要求员工办理个体工商户时，必须遵守相关的法律法规，如《个体工商户条例》、《劳动合同法》等。如果公司违反了这些法律法规，那么其行为就是违法的。
建议与后果：
- 对于员工：如果公司要求你办理个体工商户，你应首先明确自己与公司之间的劳动关系是否仍然存在。如果存在劳动关系，你应谨慎考虑公司的要求，并咨询专业律师以了解自己的权益和义务。如果公司强迫你办理个体工商户或以此作为威胁，你可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 对于公司：如果你打算要求员工办理个体工商户，你应确保这一行为符合相关法律法规的规定，并尊重员工的意愿和权益。同时，你应提供必要的支持和指导，帮助员工顺利办理个体工商户并开展经营活动。否则，你可能面临法律纠纷和声誉损失的风险。
总结：公司让员工在外地开店并办理员工的个体工商户是否违法，取决于员工与公司之间的劳动关系是否仍然存在、公司是否强迫员工办理个体工商户、公司是否遵守相关法律法规等多个因素。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。