若怀疑员工存在手机回扣问题但证据不足，可参考以下建议来处理：
内部调查与证据收集
- 初步核查：首先，公司应启动内部调查程序，通过审查相关交易记录、合同、发票等文件，寻找可能的异常或不合规之处。这包括对比市场价格，检查是否有明显高于市场价的采购行为，以及分析交易对手方与员工之间是否存在不正当关系。
- 电子证据收集：鉴于现代交易多涉及电子通信，公司应合法收集并分析员工的电子邮件、即时通讯记录、短信等，寻找与回扣相关的线索。但需注意，收集电子证据必须遵守相关法律法规，确保不侵犯员工隐私权。
- 证人证言：如果可能，寻找并询问可能知晓相关情况的同事或外部合作伙伴，获取他们的证言。但需注意，证人证言应客观、真实，且最好能在律师的指导下进行，以确保证据的合法性和有效性。
法律途径与证据固定
- 申请司法鉴定：对于涉及专业技术的证据，如电子数据恢复、笔迹鉴定等，可考虑申请司法鉴定，以增强证据的证明力。
- 报警或起诉前的准备：在掌握一定证据后，公司可考虑向公安机关报案，或准备提起民事诉讼（如要求员工返还不当得利）。在此之前，应确保所有证据都已妥善固定，并符合法律规定的证据形式要求。
- 律师协助：在整个过程中，聘请专业律师提供法律咨询和协助至关重要。律师可以帮助公司评估证据的充分性，指导调查程序，以及在必要时代表公司与员工或第三方进行谈判。
预防措施与合规建设
- 完善内部制度：建立健全的内部控制制度，包括采购审批流程、供应商管理、员工行为规范等，以减少回扣等不正当行为的发生。
- 培训与教育：定期对员工进行合规培训，提高他们对法律法规和公司政策的认识，增强职业道德和法律意识。
- 监督与审计：设立独立的内部审计部门或聘请外部审计机构，定期对公司财务和业务活动进行审计，及时发现并纠正潜在问题。
总结来说，面对怀疑员工手机回扣但证据不足的情况，公司应通过内部调查、法律途径收集并固定证据，同时加强预防措施和合规建设。在整个过程中，务必确保所有行动都符合法律法规要求，避免侵犯员工合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。