民事诉讼中的保函费（保全担保费用）是否应由被告承担，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同有约定的情况
明确约定由被告承担：如果双方在合同中明确约定了保全担保费的承担方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照合同约定执行。例如，在借款合同中可能约定若借款人违约导致出借人采取保全措施，相关担保费用由借款人承担。这种情况下，被告需承担保函费。
未明确约定：若合同未对保函费的承担作出明确约定，则需要依据法律规定和案件具体情况来判断。
二、法律有规定或司法实践支持的情况
被告过错导致保全：若因被告的过错（如恶意转移财产）导致原告不得不申请财产保全并产生担保费，根据过错责任原则，法院在综合考虑案件具体情况后，可能会判决被告承担该费用。
特定类型案件：在某些特定类型的案件中，如知识产权侵权纠纷等，根据相关法律规定或司法实践，法院可能会判决被告承担原告为制止侵权行为所支付的合理开支，包括保全担保费。
诉讼费用的一部分：在保证合同纠纷等特定情况下，若保函费用被视为诉讼费用的一部分，根据《诉讼费用交纳办法》的规定，诉讼费用一般由败诉方负担。因此，在被告败诉时，保函费用可能由被告承担。
三、法律无明确规定或不支持由被告承担的情况
缺乏明确约定或法律依据：若合同未约定且无法律规定支持，法院一般不会直接判决被告承担保函费。此时，保函费通常被视为原告为实现自身权益而支出的成本。
原告自行选择担保方式：原告有权自主选择担保方式（如现金、房产抵押或第三方机构出具保函），由此产生的费用属于原告为实现自身权益而支出的成本。除非存在特殊情形（如被告过错导致保全），否则不宜转嫁给被告。
四、实践中的操作建议
审查合同条款：在签订合同时，应明确约定保全担保费的承担方式，以避免未来可能出现的纠纷。
收集证据：若因被告过错导致保全，原告应收集相关证据（如被告转移财产的证据）以支持其主张。
咨询专业意见：在处理相关问题时，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。作为王福云律师，我擅长处理经济纠纷、合同纠纷领域的问题，您可以随时向我咨询。
总结：民事诉讼中的保函费是否应由被告承担，需根据合同约定、法律规定及案件具体情况来判断。在处理相关问题时，建议明确合同条款、收集证据并咨询专业律师的意见。