针对您提出的问题，关于公司规定产假只有三个月，但按国家规定产假有98天，生育津贴应如何计算，以下是我的详细解答：

首先，需要明确的是，生育津贴的计算是基于国家规定的产假天数，而非公司自行规定的产假天数。国家规定的基础产假期为98天，这是计算生育津贴的基本依据。

生育津贴的计算方法：

生育津贴的计算主要基于两个核心要素：一是女职工所在用人单位上年度职工月平均工资，二是规定的产假天数（98天）。具体计算方法如下：

1. 按照用人单位上年度职工月平均工资计发：

   • 计算公式：生育津贴 = 用人单位上年度职工月平均工资 ÷ 30 × 98
   • 举例说明：若某女职工所在单位上年度职工月平均工资为5000元，则她应得的生育津贴为5000 ÷ 30 × 98 ≈ 16333.33元。
   • 注意事项：此处的“月平均工资”是指整个用人单位所有职工的平均工资，而非女职工个人工资。如果女职工的实际工资高于这个平均工资，差额部分应由用人单位补足；如果低于，则按平均工资计发，无需额外补偿。

2. 特殊情况下的计算方法：

   • 如果用人单位未给女职工参加生育保险，那么生育津贴应按照女职工产假前的月工资标准进行支付。计算公式为：生育津贴 = 女职工产假前月工资 ÷ 30 × 98。
   • 举例说明：若某女职工产假前月工资为6000元，则她应得的生育津贴为6000 ÷ 30 × 98 = 19600元。
   • 注意事项：此处的“产假前工资”是指女职工正常出勤的月工资收入，不含加班费等非常规收入。如果生育津贴低于这个标准，用人单位应补足差额；如果高于，则不得克扣高出部分。

关于产假天数的额外说明：

• 除了基础的98天产假外，如果女职工遇到难产、多胞胎生育等情况，还可以根据国家规定增加相应的产假天数，并据此计算生育津贴。
• 部分地区对晚育有额外产假奖励，但具体政策可能因地区而异，需要参照当地政策执行。

生育津贴的发放方式：

• 生育津贴通常由生育保险基金支付到单位账户，再由单位转发给个人。部分地区可能直接支付给女职工本人银行账户，具体支付方式需遵循当地政策。

建议与注意事项：

• 鉴于您公司规定的产假天数与国家规定存在差异，建议您与公司人力资源部门或当地社保经办机构进行沟通，了解公司具体执行的政策以及生育津贴的申领流程。
• 在计算生育津贴时，务必确保使用正确的产假天数和月平均工资数据，以保障自身权益。
• 如果发现公司未按照国家规定支付生育津贴或存在其他违法行为，您可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

综上所述，生育津贴的计算应基于国家规定的产假天数和用人单位上年度职工月平均工资进行。希望以上解答能够帮助您更好地理解生育津贴的计算方法，并保障您的合法权益。