当停工留薪期结束但您还没有完全康复时，您可以按照以下步骤来维护自身权益并确保获得必要的医疗和工伤待遇：
一、申请延长停工留薪期
法律依据与适用情形：
- 根据《工伤保险条例》等相关规定，停工留薪期一般不超过12个月。若您的伤情严重或情况特殊，在停工留薪期满后仍需治疗和休养的，可以申请延长。
申请流程：
- 向用人单位提出申请：您应在停工留薪期满前向用人单位提交书面延长申请，并附上医疗机构出具的诊断证明、病历等相关材料，说明您仍需治疗和休养的医疗依据。
- 用人单位审核与申报：用人单位应在收到申请后规定时间内（如15日内）作出是否同意延长的意见，并将材料报送至当地劳动能力鉴定委员会。
- 劳动能力鉴定委员会确认：若用人单位不同意延长，或您与用人单位之间存在争议，您可以在规定时间内向市级劳动能力鉴定委员会提出确认申请。委员会将组织专家进行评估，并出具是否延长的书面结论。
二、进行劳动能力鉴定
鉴定的必要性：
- 即使停工留薪期结束后病情未恢复，您也需及时进行劳动能力鉴定。这有助于确定您的伤残等级，从而享受相应的工伤保险待遇。
鉴定流程：
- 提交申请：向设区的市级劳动能力鉴定委员会提交申请表、病历、检查报告等材料。
- 现场鉴定：委员会将安排医学检查和专家评审，通常会在一定时间内（如60日内）出具鉴定结果。
- 复核机制：如果您对鉴定结果有异议，可以在规定时间内（如15日内）申请再次鉴定。省级劳动能力鉴定委员会的结论为最终决定。
三、继续治疗与费用报销
治疗费用：
- 符合工伤保险诊疗项目目录等治疗费用，将由工伤保险基金支付。若用人单位未缴纳工伤保险费，则这些费用将由用人单位承担。
就医机构：
- 您应在签订服务协议的医疗机构就医。在紧急情况下，您可以先就近进行急救。若需转外地就医，应经医疗机构出具证明并报经办机构同意。
四、与用人单位协商工作安排
调整岗位：
- 若您无法从事原工作岗位，可以与用人单位协商调整工作岗位。用人单位有义务根据您的实际情况合理安排工作。
请假或休假：
- 若您无法立即返回工作岗位，可以与用人单位协商请假事宜，如请病假等。按照相关规定，您应享受病假工资或疾病救济费。
五、考虑工伤康复
- 若您符合相关条件，可以向劳动能力鉴定委员会提出工伤康复申请。一旦通过申请，您将在指定康复机构接受专业康复治疗，并享受相应的工伤待遇。
六、维护自身权益
- 若您遭遇用人单位不合理对待，如拒绝合理请假申请或降低工资待遇等，您可以及时向当地劳动监察部门投诉，依法维护自身权益。
七、保留证据和文件
- 在处理上述事务过程中，建议您保留好所有相关的证据和文件，如诊断证明、病历、申请表、鉴定结论等。这些证据和文件将有助于您在需要时证明自己的权益和主张。
希望以上解答能够帮助您更好地应对停工留薪期结束但尚未完全康复的情况。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业人士。