飞行员因患病不能继续飞行时，劳动合同的变更需根据具体情况，通过协商、法定程序或解除合同等方式处理。以下是具体分析：

1. 协商变更合同内容
   根据《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者可协商一致变更劳动合同。若飞行员因患病无法继续执行飞行任务，但身体状况允许从事地面工作（如签派、培训等），双方可协商调整岗位、薪资等条款，并签订书面变更协议。例如，将原“飞行员”岗位变更为“地面技术支持”，同时调整薪酬结构以匹配新岗位价值。

2. 医疗期内的法定保护
   若飞行员处于法定医疗期（根据工作年限，一般为3-24个月），根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，用人单位不得随意解除合同，且需支付病假工资（通常为当地最低工资的80%）。医疗期满后，若飞行员仍无法从事原工作，用人单位需另行安排工作；若仍不能胜任，可提前30日书面通知或支付代通知金后解除合同，并依法支付经济补偿（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。

3. 因病丧失劳动能力的处理
   若飞行员经劳动能力鉴定委员会鉴定为完全丧失劳动能力，根据《劳动合同法》第四十条，用人单位可解除合同，但需支付经济补偿及医疗补助费（具体标准因地而异，通常为6-12个月工资）。若鉴定为部分丧失劳动能力，用人单位需根据实际情况调整岗位或保留劳动关系。

4. 特殊行业规定的考量
   航空业受《民用航空法》《大型飞机公共航空运输承运人运行合格审定规则》等严格监管，飞行员需持有有效体检合格证。若因患病导致体检不合格，即使劳动合同未到期，航空公司也可能依据行业规定暂停其飞行资格。此时，双方需优先协商岗位调整；若无法达成一致，可参照法定程序解除合同。

建议行动步骤：

1. 飞行员应尽快向航空公司提交医疗证明，明确病情及对飞行能力的影响；
   
2. 双方协商岗位调整方案，签订书面变更协议；
   
3. 若协商无果，可申请劳动仲裁，主张医疗期权益或经济补偿；
   
4. 涉及劳动能力鉴定的，需通过当地劳动能力鉴定委员会完成程序。
   

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