结论：公司预付工资后，若提成不足以覆盖预付工资，导致员工还需返还公司部分款项的情况，其合法性需根据具体情况判断，一般情况下，若双方有明确约定且不违反法律法规强制性规定，该约定可能合法；但若无明确约定或约定违法，则公司要求员工返还可能不合法。
分析说明：
有明确约定的情况：
- 合法性基础：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，劳动合同双方可以就工资、提成等劳动报酬进行约定。若双方在劳动合同或相关协议中明确约定了预付工资、提成计算方式及返还条件，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准、工资支付周期等），则该约定具有法律效力。
- 具体情形：例如，双方约定公司预付员工一定金额的工资，员工需按照约定的业绩目标完成工作，若提成不足以覆盖预付工资，则员工需返还差额。在此情形下，若员工未能完成业绩目标，公司要求员工返还差额可能合法。
无明确约定或约定违法的情况：
- 违法性判断：若双方未就预付工资及返还条件进行明确约定，或约定违反了法律法规的强制性规定（如要求员工返还已支付的最低工资部分），则公司要求员工返还可能不合法。
- 具体情形：例如，公司未经员工同意擅自预付工资，并在后续要求员工返还超出提成部分的金额，且该要求未在劳动合同或相关协议中明确约定。在此情形下，公司要求员工返还可能缺乏法律依据。
法律建议：
对于员工：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资、提成及返还条件的约定。
- 若对公司要求返还预付工资有异议，可与公司协商解决；协商不成的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
对于公司：
- 在预付工资前，应与员工明确约定预付金额、提成计算方式及返还条件，并确保约定合法合规。
- 若员工未能完成业绩目标，公司要求员工返还差额时，应提供充分的证据支持其主张，并遵循合法合规的程序进行。
可能后果：
- 若公司要求员工返还预付工资的行为被认定为违法，公司可能面临支付违法解除劳动合同赔偿金、补发工资等法律责任。
- 若员工拒绝返还预付工资且公司无法提供充分证据支持其主张，公司可能无法追回相关款项，并可能因此与员工产生劳动纠纷。
行动建议：
- 双方应加强沟通，明确约定预付工资及返还条件，以避免后续纠纷。
- 若发生纠纷，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的解决方案。
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