结论前置：公司因客户付款逾期而扣员工提成是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司规章制度、劳动合同以及提成发放的相关约定是否合法合规。
一、公司规章制度与劳动合同的约定
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司规章制度中明确规定了因客户付款逾期可扣提成的条款，且该规章制度已经过上述民主程序制定并公示或告知劳动者，那么该条款在法律上具有一定的效力。但需注意，该条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若劳动合同中明确约定了因客户付款逾期可扣提成的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该条款对双方均具有约束力。
二、提成发放的约定与实际情况
提成发放约定：
- 提成作为劳动报酬的一部分，其发放条件、方式等应在劳动合同或公司规章制度中明确约定。若约定中明确规定了提成的发放与客户的付款情况挂钩，且客户付款逾期是导致提成扣减的直接原因，那么公司扣减提成可能具有一定的合理性。
实际情况分析：
- 然而，即使劳动合同或公司规章制度中有相关约定，公司也不能随意扣减提成。公司需证明客户付款逾期是员工个人原因导致的，或者员工在客户付款逾期中存在过错。若员工已尽到合理职责，客户付款逾期并非员工原因所致，那么公司扣减提成可能缺乏合法依据。
- 此外，若公司扣减提成的比例过高，或者扣减后员工的劳动报酬低于当地最低工资标准，那么该扣减行为也可能违反法律规定。
三、法律建议
审查规章制度与劳动合同：
- 员工应首先审查公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于提成发放和扣减的约定。若发现约定存在不合理或违法之处，可与公司协商修改或寻求法律援助。
收集证据并维权：
- 若员工认为公司扣减提成缺乏合法依据，可收集相关证据（如工作记录、客户沟通记录、公司规章制度等）以证明自己的权益受到侵害。随后，可向劳动争议调解委员会申请调解，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼以维护自己的合法权益。
与公司沟通协商：
- 在采取法律行动之前，员工也可尝试与公司进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。通过友好协商，往往能够更快速、更有效地解决问题。
总结来说，公司因客户付款逾期而扣员工提成是否合法，需根据具体情况判断。员工应审查公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于提成发放和扣减的约定，并在必要时收集证据并维权。若有问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议。