针对未签合同但机构已收取费用的情况，您可按以下步骤处理，核心结论如下：

1. 优先协商解决，明确费用性质与退还规则
   即使未签订书面合同，双方仍可能存在事实合同关系（如通过口头约定、缴费凭证、服务记录等证明）。此时应第一时间与机构沟通，要求其出具收费依据（如报价单、服务内容说明等），并明确：

   • 费用对应的具体服务项目（如课程、咨询、产品等）；
     
   • 若未提供服务，是否可全额退款；
     
   • 若已提供部分服务，剩余费用如何计算退还。
     法律依据：根据《民法典》第469条，书面合同非强制要求，口头约定或实际履行行为均可构成合同关系；第577条规定，若一方未履行义务，另一方可要求退款或赔偿。

2. 收集证据，固定事实关系
   若协商无果，需立即收集以下证据以支持后续维权：

   • 缴费凭证：转账记录、收据、发票等（需显示机构名称及金额）；
     
   • 服务记录：如课程签到表、咨询记录、产品交付凭证等；
     
   • 沟通记录：与机构工作人员的微信、邮件、录音等（证明对方承认收费或未履行义务）；
     
   • 宣传资料：如机构官网、海报、招生简章等（证明其承诺的服务内容）。
     提示：证据越完整，维权成功率越高，尤其是能证明“机构未履行合同主要义务”的关键证据。

3. 通过投诉或诉讼主张权利

   • 投诉途径：
     
     • 向当地消费者协会（12315）投诉，适用于消费类服务（如培训、健身等）；
       
     • 向行业主管部门投诉（如教育局管培训机构、市场监管局管一般商业机构）；
       
     • 通过12345市民热线反馈，由政府协调处理。
       
   • 诉讼途径：
     若投诉未果，可向法院起诉，主张：
     
     • 解除事实合同关系；
       
     • 机构退还全部或部分费用；
       
     • 赔偿因违约造成的损失（如交通费、误工费等）。
       注意：诉讼时效为3年，自您知道权利受损之日起计算。

4. 特殊情形处理

   • 机构拒不退款且失联：若机构已注销或跑路，可向法院申请其破产清算，或向公安机关报案（涉嫌诈骗时）；
     
   • 费用涉及第三方支付平台：如通过支付宝、微信支付，可尝试申请平台介入，提供证据要求冻结或追回款项；
     
   • 机构主张“违约金”：若机构以未签合同为由要求扣除违约金，需警惕其合理性——根据《民法典》第585条，违约金过高可要求法院调整。

总结建议：先协商并固定证据，再根据机构态度选择投诉或诉讼。若涉及金额较大或机构态度恶劣，建议尽快委托律师介入，以提高效率并降低风险。如有具体细节需要分析，可随时向我补充提问。