持有工程结算单，可向以下单位申请清算，具体需结合结算单性质及纠纷类型选择：

1. 合同相对方（发包方或总承包方）
   若结算单已明确双方债权债务关系（如工程款金额、支付期限等），且无争议，可直接依据《民法典》合同编要求合同相对方履行付款义务。若对方拒付，可向工程所在地或被告住所地法院提起民事诉讼，或依据合同约定申请仲裁（如有仲裁条款）。

2. 建设单位（业主）
   若结算单涉及分包工程，且总承包方未支付款项，可依据《保障农民工工资支付条例》（如涉及劳务费）或分包合同，要求建设单位在欠付工程款范围内承担支付责任。但需注意：建设单位仅在欠付总承包方工程款范围内承担连带责任，需提供证据证明欠付事实。

3. 劳动监察部门（如涉及劳务费）
   若结算单为农民工工资结算单，可向工程所在地劳动监察大队投诉，要求协调支付。根据《保障农民工工资支付条例》，劳动监察部门有权责令用人单位限期支付，逾期不付可加付赔偿金。

4. 行业主管部门或清欠机构
   部分地区设有住建部门清欠办或建设领域清欠中心，专门处理工程款拖欠问题。可提交结算单、合同等材料申请行政协调，但协调结果无强制执行力，需配合诉讼或仲裁巩固效力。

5. 法院（诉讼途径）
   若其他途径无效，可直接向法院起诉，提交结算单作为关键证据。法院将根据《民法典》第793条（建设工程施工合同无效但工程验收合格的，可参照合同关于工程价款的约定折价补偿）或第807条（发包人未支付工程价款，承包人可申请拍卖工程优先受偿）等条款裁决。

6. 仲裁机构（如合同约定仲裁）
   若合同明确约定仲裁条款，需向约定的仲裁委员会申请仲裁。仲裁裁决具有终局性，但需注意仲裁条款的有效性（如是否明确仲裁机构名称）。

关键提醒：

• 结算单需经双方签字盖章确认，内容明确（如工程范围、金额、支付时间等），否则可能被认定为“未结算”而需重新审计。
  
• 若结算单涉及质量争议，需先解决质量纠纷再主张付款（除非合同约定质量保证金条款）。
  
• 诉讼时效为3年，自结算单约定付款期限届满之日起算，逾期将丧失胜诉权。
  

建议根据结算单具体内容及对方履约情况，选择最有效的清算路径。如有复杂情形（如涉及多层分包、政府项目等），可进一步提供细节，我将协助分析法律风险及应对策略。